Введение
Глава 1. Обзор литературы 16
1.1 Тенденция и особенности эпидемиологической ситуации по холере на современном этапе развития седьмой пандемии в мире и на территории Российской Федерации 16
1.2 Результаты микробиологических мониторинговых исследований объектов окружающей среды на наличие холерных вибрионов О1, О139 серогрупп, как основа разработки ГИС 20
1.3 Современное информационно-аналитическое обеспечение мониторинга инфекционных заболеваний, в том числе особо опасных инфекций, на территории Российской Федерации 24
1.4 ГИС-технология как инструмент информационного анализа в рамках проведения мониторинговых исследований за холерой на территории Российской Федерации 27
Глава 2. Материалы и методы 33
2.1. Бактериальные штаммы холерных вибрионов 33
2.2 Питательные среды для выделения и культивирования холерных вибрионов 34
2.3 Контроль качества питательных сред, используемых для проведения идентификации изучаемых штаммов холерных вибрионов 35
2.4 Методы идентификации выделенных культур холерных вибрионов с комплексным определением эпидзначимости. Фаготипирование изучаемых штаммов холерных вибрионов.. 35
2.5 Методы ПЦР-генотипирования штаммов холерных вибрионов 35
2.6 Метод VNTR-генотипирования штаммов холерных вибрионов 44
2.7 Статистическая обработка результатов 44
Глава 3. Ретроспективный информационный анализ результатов мониторинга холерных вибрионов О1, О139 в объектах окружающей среды на территориях федеральных округов Российской Федерации и их субъектов с 1989г. по 2016г 46
3.1 Федеральные округа Российской Федерации и их субъекты, на территории которых регистрировалось выделение из объектов окружающей среды холерных вибрионов различной эпидзначимсти 46
3.2 Анализ динамики выделения штаммов холерных вибрионов О1, О139 из объектов окружающей среды на территориях субъектов Российской Федерации с 1989г. по 2016г 47
3.3 Анализ результатов мониторинга холерных вибрионов в пространственном, временном и микробиологическом аспектах с привязкой к конкретным объектам окружающей среды на территории России . 54
Глава 4 Сравнительная характеристика фено- и гено типических свойств штаммов холерных вибрионов О1, О139, выделенных из объектов окружающей среды на различных территориях России с 1989г. по 2016г 70
4.1 Фенотипическая характеристика штаммов холерных вибрионов, изолированных из поверхностных водоёмов и стоков на территории Российской Федерации 70
4.2 Молекулярно-биологическая характеристика штаммов холерных вибрионов, изолированных из поверхностных водоёмов и стоков на территории Российской Федерации 79
Глава 5. Разработка пополняемой геоинформационной системы «Холера 1989-2014» и алгоритма работы с ней 82
5.1 Создание и характеристика базы данных ГИС «Холера 1989-2014» 82
5.1.1 Установка компьютерной программы; работа с базой данных и редактирование информации 83
5.1.2 Поиск идентичных и схожих штаммов 86
Глава 6 ПЦР-генотипирование нетоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 Эль Тор, выделенных из объектов окружающей среды на территории России 89
6.1 Установление ПЦР-генотипа нетоксигенных штаммов холерных вибрионов, изолированных из поверхностных водоёмов и стоков на разных территориях Российской Федерации 89
6.2 Алгоритм расчета минимального числа генов-мишеней для детекции при ПЦР-генотипировании и определение генотипов репрезентативной выборки нетоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 Эль Тор 89
6.3 Анализ ПЦР-генотипов репрезентативной выборки неток-сигенных штаммов холерных вибрионов, изолированных из поверхностных водоёмов и стоков на территории Российской Федерации 95
Глава 7 Прикладное использование способа геноти пирования нетоксигенных штаммов V. cholerae O1 El Tor по минимальному набору генов-мишеней, выделенных из объектов окружающей среды на различных административных территориях 101
7.1 Сравнительная ПЦР генотипическая характеристика не токсигенных штаммов V. cholerae О1 El Tor ctxAcpA+ по минимальному набору детерминант факторов патогенности 101
7.2 Анализ данных генотипирования по 14 генам-мишеням факторов патогенности/персистенции V. cholerae О1 El Tor, изолированных из водных экосистем на территории Краснодарского края 109
7.3 Анализ соотношения между обнаружением в ООС токси-генных и нетоксигенных штаммов V. cholerae О1 El Tor на территории Российской Федерации с 2001г. по 2016г 114
7.4 Определение соотношения между обнаружением в ООС штаммов V. cholerae O1 El Tor и бактериофагов холерных вибрионов на территории Ростовской области с 2008г. по 2010г 117
Заключение 119
Выводы 126
Список использованной литературы 128
