Введение
2. Обзор литературы 10
2.1. Регуляция биосинтеза мРНКу эукариот 10
2.1.1. Регуляция транскрипции 11
2.1.2. Регуляция альтернативного сплайсинга 16
2.1.3. Регуляция деградации мРНК 23
2.1.3.1. микроРНК 23
2.1.3.2. Разложение мРНК, вызванное преждевременным стоп-кодоном 24
2.2. Методы массового анализа транскриптома 26
2.2.1. Экспериментальные методы 27
2.2.2. Вычислительные методы 31
2.2.2.1. Методы анализа экспрессии 31
2.2.2.2. Методы анализа альтернативного сплайсинга 32
2.3. Современная транскриптомика 34
2.3.1. Транскриптомика головного мозга человека 39
2.3.2. Сравнительная транскриптомика головного мозга приматов 40
3. Разработка метода анализа альтернативного сплайсинга 43
3.1. Подсчёт прочтений 45
3.2. Статистический анализ 48
4. Возрастные изменения сплайсинга в мозге человека 49
4.1. Материалы и методы 49
4.1.1. Образцы ткани 49
4.1.2. Секвестрование 50
4.1.3. Картирование прочтений 50
4.1.4. Статистический анализ 51
4.1.5. Подтверждение изменений АС при помощи ПЦР 52
4.1.6. Подсчёт корреляции между наборами данных 52
4.1.7. Разбиение на кластеры 53
4.2. Результаты 53
4.3. Выводы 60
5. Сравнительный анализ альтернативного сплайсинга в мозге высших приматов 61
5.1. Материалы и методы 61
5.1.1. Образцы ткани 61
5.1.2. Секвестрование 62
5.1.3. Картирование прочтений 62
5.1.4. Экзон-интронная аннотация геномов 63
5.1.5. Статистический анализ 65
5.1.6. Определение видоспецифичных изменений 66
5.1.7. Определение направления видоспецифичных изменений 66
5.1.8. Выравнивание возрастных паттернов АС 67
5.1.9. Анализ эволюции сайтов сплайсинга 68
5.1.10. Функциональный анализ сегментов 68
5.1.11. Поиск мотивов связывания факторов сплайсинга 68
5.1.12. Разбиение на кластеры 69
5.1.13. Определение уровня экспрессии генов 69
5.1.14. Моделирование возрастных изменений ЧВ 70
5.2. Результаты и обсуждение 70
5.2.1. Различия в средних уровнях частоты включения 72
5.2.2. Возрастные изменения АС в мозге высших приматов 78
5.2.2.1. Соотнесение возрастов между видами 80
5.2.2.2. Кластерный анализ возраст-зависимых сегментов 82
5.2.2.3. Удержанные интроны 84
5.2.2.4. Возрастная регуляция альтернативного сплайсинга 86
5.3. Выводы 92
6. Общие выводы 92
7. Список публикаций по теме диссертации 93
7.1. Статьи в научных журналах 93
7.2. Тезисы конференций 93
1. Список литературы 94
8. Приложения 106
