Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 8
Глава 1.1 Структура и функция рибосомы 8
Глава 1.2 Взаимодействие белковых факторов с рибосомой 19
Глава 1.3 Staphylococcus aureus 22
Глава 1.4 SaHPF – фактор инактивации рибосомы 24
Глава 1.5 Функциональные и структурные гомологи белка SaHPF 26
Глава 1.6 Предсказание структуры белков методами структурной
биоинформатики 29
Глава 1.7 Определение структуры белка методом ЯМР 34
Глава 1.8 Крио-электронная микроскопия макромолекулярных комплексов Заключение 40
ГЛАВА 2. Материалы и методы исследований 41
Глава 2.1 Оборудование и реагенты 41
Глава 2.2 Использованные микроорганизмы и плазмиды 43
2.2.1 Клонирование С-концевого домена SaHPF 43
Глава 2.3 Использованные в работе буферы 45
Глава 2.4 Использованные в работе методы 47
2.4.1 Разрушение клеток 47
2.4.2 Осаждение клеточных фракций 47
2.4.3 Хроматографическая очистка белка 48
2.4.4 Определение степени чистоты и однородности раствора белка 49
2.4.5 Хранение и концентрирование образца 50
Глава 2.5 Выделение и очистка белка для эксперимента по ЯМР 50
Глава 2.6 Выделение, очистка и кристаллизация белка 52
Глава 2.7 Выделение и очистка белка для димеризации рибосомы 53 Глава 2.8 Димеризация рибосомы 53
2.8.1 Получение димеров рибосомы 53
2.8.2 Проверка стабильности димеров рибосомы 56
2.8.3 Подготовка фракций димеров рибосомы для криоэлектронной микроскопии 57
Глава 2.9 Предсказание структуры белка 58
Глава 2.10 Молекулярно-динамическое моделирование белка 58
ГЛАВА 3. Результаты и их обсуждение 59
Глава 3.1 Получение плазмиды со вставкой гена С-концевого домена SaHPF 59
Глава 3.2 Выделение и очистка белка SaHPF для кристаллизации и димеризации рибосом 60
Глава 3.3 Выделение и очистка белка SaHPF и С-концевого домена SaHPF для определения структуры методом ЯМР 63
Глава 3.4 Димеры рибосомы S.aureus 65
Глава 3.5 Результаты предсказания структуры белка SaHPF и анализ ее молекулярной динамики 72
Глава 3.6 Структура C-концевого домена белка SaHPF, полученная методом ЯМР 77
Глава 3.7 Криоэлектронная микроскопия димеров рибосомы 79
выводы 84
заключение 85
список использованной литературы 86
