Введение
Глава 1. Обзор литературы 19
1.1. Диагностически значимые свойства штаммов V. cholerae О1 серогруппы, используемые для дифференциации биоваров 19
1.2. Молекулярные механизмы адаптации V. cholerae к стрессовым факторам внешней среды 28
Глава 2. Материалы и методы 42
2.1. Штаммы, использованные в работе 42
2.2. Питательные среды и реактивы 43
2.3. Культивирование бактериальных штаммов 44
2.4. Изучение чувствительности штаммов V. cholerae к антибактериальным препаратам и получение штаммов, устойчивых к антибиотикам 44
2.5.Постановка конкурентной пробы 45
2.6. Образование ацетоина в реакции Фогес-Проскауэра и анализ способности штаммов V. cholerae к росту на средах с разным содержанием глюкозы 45
2.7. Оценка скорости роста штаммов V. cholerae 46
2.8.Определение продукции холерного токсина 46
2.9.Выделение нуклеиновых кислот 47
2.10. ПЦР анализ 48
2.11. Полногеномное и фрагментарное секвенирование, биоинформационный анализ 48
2.12. Пространственное моделирование молекулы белка 49
2.13.Статистический анализ 49
Глава 3. Создание набора олигонуклеотидных праймеров, зондов и конструирование штаммов E. coli Top10, несущих плазмиду pCR 2.1, с клонированными участками генов, для определения уровня относительной экспрессии структурных и регуляторных генов V. cholerae методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени 50
Глава 4. Анализ способности генетически измененных штаммов V. cholerae O1 биовара El Tor образовывать ацетоин из глюкозы в реакции Фогес – Проскауэра и выяснение генетических основ изменения его продукции 59
4.1. Анализ способности генетически измененных штаммов V. cholerae O1 биовара El Tor образовывать ацетоин в реакции Фогес – Проскауэра 59
4.2. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей структурных и регуляторных генов, участвующих в биосинтезе ацетоина в штаммах V. cholerae 63
4.3. Сопоставление экспрессии регуляторных генов alsR и aphA, контролирующих биосинтез ацетоина, у типичных и генетически измененных штаммов V. cholerae О1 биовара El Tor методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени 67
Глава 5. Изучение влияния разных концентраций глюкозы на рост генетически измененных штаммов V. cholerae O1 биовара El Tor на полноценных и голодных средах 72
Глава 6. Выявление биологических особенностей генетически измененных штаммов V. cholerae O1 биовара El Tor, определяющих их высокий уровень адаптации к внешним факторам окружающей среды 76
6.1. Оценка конкурентной способности типичных и генетически измененных штаммов V. cholerae биовара El Tor при их совместном культивировании в водной среде 76
6.2. Сравнительный анализ скорости роста типичных и генетически измененных штаммов V.cholerae O1 биовара El Tor на полноценной среде 80
6.3. Cопоставление уровня экспрессии регуляторных генов rpoS и hapR, контролирующих биосинтез факторов адаптации, у типичных и генетически измененных штаммов V. cholerae О1 биовара El Tor методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени 82
Заключение 86
Выводы 100
Список используемых источников 102
