Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 12
1.1. Функциональная геномика инфекционных заболеваний 11
1.2. Биоинформатика, как инструмент формирования выборки генов из генома человека для изучения патологии 17
1.3. Генетическая подверженность туберкулезу и сальмонелл езу 22
ГЛАВА 2. Материалы и методы исследования 39
2.1. Характеристика-выборки здоровых доноров 40
2.2. Биоинформационные подходы для поиска и оценки фенотипической значимости выбранных SNPs 41
2.2.1. Поиск функционально значимых SNPs с помощью on-line программ и баз данных 42
2.2.2. Выбор потенциально функционально значимых SNPs с помощью программы Matlnspector 43
2.3. Молекулярно-генетические методы исследования 44
2.3.1. Выделение ДНК из мононуклеаров венозной крови 44
2.3.2. Определение полиморфизма генов IFNG, IFNGR2, МСР1, STAT1, TLR2 45
2.3.3.Условия культивирования мононуклеарных клеток венозной крови 48
2.3.4. Выделение РНК из мононуклеаров венозной крови и получение кДНК с помощью реакции обратной транскрипции.. 49
2.3.5. Условия постановки RT-PCR 50
2.4. Статистические методы 51
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждение 53
3.1. Поиск функционально значимых SNPs с помощью биоинформационных ресурсов 53
3.2. Оценка уровня экспрессии генов МСР1, IFNG, TLR2, STAT1, IFNGR2 при стимуляции РНА, TDM, LPS, IFN-y, IL-4 и их комбинациями 59
3.3. Сравнение уровней генетической экспрессии в культурах клеток носителей различных генотипов по выбранным полиморфным вариантам генов МСР1, IFNG, TLR2, STAT1,
IFNGR2
Заключение 91
Выводы 96
Список литературы
