Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 12
1.1. Атлантическая треска 12
1.1.1. Жизненный цикл, биологические и генетические особенности 13
1.1.2. Озерные популяции трески 16
1.2. Озеро Могильное 21
1.2.1. Происхождение и возраст озера Могильное 21
1.2.2. Структура, гидрохимические и физические характеристики озера Могильное 22
1.2.3. Фауна озера Могильное .23
1.3. Биология кильдинской трески (Gadus morhua kildinensis) .24
1.4. Генетическое разнообразие кильдинской трески 25
1.5. Популяционно-генетические параметры малых популяций 26
1.5.1. Эффективная и цензусная численности популяции 26
1.5.2. Генетическая изменчивость и иерархическая структура популяций 27
1.5.3. Популяционно-генетические процессы в малых изолированных популяциях 28
1.5.3.1. Эффект основателя и бутылочное горлышко 28
1.5.3.2. Генетический дрейф и генетический груз 29
1.5.3.3. Отбор и адаптация 30
1.6. Заключение 31
ГЛАВА 2. Материалы и методы .32
2.1. Сбор и хранение биологического материала 32
2.2. Молекулярно-генетические методы
2.2.1. Выделение геномной ДНК .33
2.2.2. Микросателлитный анализ 34
2.2.3. Амплификация и секвенирование фрагментов митохондриальной и
ядерной ДНК 35
2.2.4. Полногеномное секвенирование кильдинской трески 37
2.3. Статистические методы анализа 38
2.3.1. Проверка селективной нейтральности маркеров .38
2.3.2. Анализ демографической истории и численности популяции 38
2.3.3. Дополнительные полногеномные данные .40
2.3.4. Анализ генетической дифференциации популяций .40
2.3.5. Анализ внутрипопуляционной изменчивости .42
2.3.6. Сравнение кильдинской трески с экотипами атлантической трески 44
ГЛАВА 3. Результаты 47
3.1. Внутрипопуляционное разнообразие кильдинской трески 47
3.2. Поиск геномных регионов под отбором 48
3.3. Сравнение кильдинской трески с прибрежной и глубоководной треской 49
3.4. Оценка генетического груза 50
3.5. Сравнение кильдинской трески с экотипами атлантической трески 51
3.6. Оценка микросателлитного генетического разнообразия 54
3.7. Расположение в геноме и проверка нейтральности микросателлитных маркеров 56
3.8. Генетические различия между кильдинской и морской треской 59
3.9. Оценка численности кильдинской трески 3.10. Оценка эффективной численности 64
3.11. Оценка времени дивергенции озерной и морской трески 65
3.12. Демографическая история кильдинской трески 66
3.13. Анализ генетического разнообразия митохондриальной ДНК озерной и морской трески .68
ГЛАВА 4. Обсуждение результатов 70
4.1. Происхождение кильдинской трески 70
4.2. Генетическая дивергенция озерной и морской трески 73
4.3. Популяционно-генетические характеристики кильдинской трески 75
4.4. Генетическое разнообразие озерной и морской трески 76
4.5. Поиск геномных регионов, находящихся под отбором у кильдинской трески 78
4.6. Инбредная депрессия и генетический груз 79
4.7. Стратегия сохранения кильдинской трески .79
Заключение 82
Выводы 83
Список сокращений 85
Список терминов 86
Список литературы
