СОДЕРЖАНИЕ
Список сокращений…………………………………………………………..... 4
ВВЕДЕНИЕ………………………………………………………….................... 5
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ……………………………….................... 13
1. Редкие и распространенные заболевания……………………….................... 13
2. ПИД…………………………………………………………............................. 16
3. Генетика инфекционных заболеваний……………………............................. 23
3.1 COVID-19………………………………………………….............................. 23
3.2 Пневмония………………………………………………................................. 27
4. Генетика иммунитета. Образование вариабельных Т- и В-лимфоцитов...... 30
5. Аннотация генов и вариантов……………………………............................... 35
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ…………………................................ 46
1. Биологические образцы…………………………………................................. 46
1.1 Демографические и клинические данные пациентов................................... 46
1.1.1 Пациенты с COVID-19………………………………….............................. 46
1.1.2 Пациенты с пневмонией и контрольная группа………............................. 47
2. Молекулярно-генетические методы………………………............................. 48
2.1 Выделение ДНК пациентов с COVID-19 и секвенирование экзомов......... 48
2.2 Подготовка списков генов и вариантов………………….............................. 49
2.3 Аннотация вариантов………………………………………........................... 49
3. Количественное измерение показателей TREC/KREC……........................... 51
3.1 Создание генетических конструкций TREC, KREC и человеческого
альбумина………………………………………....................................................
51
3.2 Выделение ДНК и количественная мультиплексная полимеразная
цепная реакция (ПЦР) в режиме реального времени..........................................
51
4. Базы данных и ресурсы……………………….................................................. 53
4.1 Базы данных «генотип-фенотип» ClinVar и HGMD®................................... 53
4.2 Глобальный ресурс генетических вариантов человека dbSNP.................... 54
3
4.3 Транскриптомные данные для нормальных тканей и клеток крови человека………………………...............................................................................
54
5. Статистическая обработка данных...................................................................
55
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ................................................
56
ЗАКЛЮЧЕНИЕ…………....................................................................................
101
ВЫВОДЫ…………...............................................................................................
102
БЛАГОДАРНОСТИ.............................................................................................
103
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ..................................................................................
104
ПРИЛОЖЕНИЕ....................................................................................................
128
