Введение
Глава 1. Обзор литературы 15
1.1. Биология, жизненные циклы и патогенность трематод из рода Nanophyetus 15
1.2. Использование маркеров ядерной ДНК для молекулярно-генетических исследований трематод 22
1.3. Использование маркеров митохондриальной ДНК для молекулярно-генетических исследований трематод 27
1.4. Пространственная организация биомолекул 33
Глава 2. Материалы и методы 43
2.1. Получение паразитологического материала 43
2.2. Выделение геномной ДНК 45
2.3. Амплификация ДНК 45
2.4. Определение нуклеотидных последовательностей ДНК 51
2.5. Редактирование и выравнивание нуклеотидных последовательностей 52
2.6. Статистическая обработка данных 53
2.7. Реконструкция демографической истории популяций 56
2.8. Моделирование вторичных структур транскриптов рДНК 58
2.9. Определение предполагаемой структуры белка первой субъединицы NADH-дегидрогеназы 2.10. Филогенетический анализ 58
2.11. Датировка дивергентных событий 60
Глава 3. Результаты 62
3.1. Анализ рибосомного кластера 62
3.1.1. Нуклеотидные последовательности ДНК 62
3.1.2. Вторичные структуры транскриптов спейсерных участков рДНК 74
3.1.3. Вторичные структуры вариабельных участков 18S рРНК 82
3.1.4. Филогенетические связи трематод 94
3.2. Анализ гена nad1 мтДНК 102
3.2.1. Нуклеотидные последовательности фрагмента гена 102
3.2.2. Характеристика полноразмерного гена nad1 N. schikhobalowi 102
Глава 4. Обсуждение 133
4.1. Особенности распределения генетического разнообразия внутри и между видами рода Nanophyetus 133
4.2. Пространственные структуры биомолекул 138
4.3. Филогения рода Nanophyetus 151
4.4. Филогеография и демографическая история популяций Nanophyetus 155
Заключение 164
Выводы 167
Список литературы 169
Приложения I - VIII 204 - 218
