Введение
1 Обзор литературы 10
1.1 Общая характеристика Mycobacterium tuberculosis 10
1.2 Основные подходы к изучению Mycobacterium tuberculosis
1.2.1 Молекулярно-генетический анализ 15
1.2.2 Протеомный анализ 24
1.2.3 Транскриптомный анализ 34
1.2.4 Модельные эксперименты 1.3 Популяционная структура Mycobacterium tuberculosis 38
1.4 Генетическое семейство Beijing 41
1.5 Характеристика кластера Beijing В0/W148 47
1.6 Заключение 51
2. Материалы и методы 52
2.1 Бактериальные штаммы 52
2.2 Культивирование микобактерий 52
2.3 Генетический анализ Mycobacterium tuberculosis
2.3.1 Геномные последовательности 52
2.3.2 Амплификация фрагментов генома 53
2.3.3 Секвенирование фрагментов генома модифицированным методом Сенгера 54
2.3.4 Рестрикционный анализ 55
2.3.5 Полногеномное секвенирование 55
2.3.6 Анализ данных полногеномного секвенирования 56
2.4 Протеомный анализ микобактерий 57
2.4.1 Экстракция белка из клеток микобактерий 57
2.4.2 Денатурирующий электрофорез в полиакриламидном геле 58
2.4.3 Триптическое расщепление белков 58
2.4.4 Масс-спектрометрический анализ 60
2.4.5 Валидация данных методом мониторинга множественных реакций 61
2.4.6 Биоинформационный анализ данных 62
3. Результаты 65
3.1 Формирование экспериментальных групп 65
3.2 Полногеномное секвенирование 65
3.3 Геномные особенности кластера BeijingB0/W148 66
3.3.1 Кластер-специфические SNPs 68
3. 3.2 Структурная организация генома BeijingB0/W148 69
3.4 Отработка протокола экстракции белка из клеток микобактерий 73
3.5 Протеомный анализ Mycobacterium tuberculosis 78
3.5.1. Валидация данных методом MRM анализа 96
3.6 Сравнительный анализ геномных и протеомных данных 99
4. Обсуждение 101
4.1. Формирование экспериментальных групп штаммов и геномных последовательностей 101
4.2. Генетические особенности штаммов Mycobacterium tuberculosis кластера Beijing B0/W148 102
4.3. Разработка метода протеомного анализа микобактерий 106
4.4. Протеомные особенности изолятов Mycobacterium tuberculosis кластера Beijing B0/W148 110
4.5 Сравнительный анализ геномных и протеомных данных 113
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 119
ВЫВОДЫ 122
Список используемых сокращений 123
Список литературы 125
