ВВЕДЕНИЕ...................................................................................................................... 5
Актуальность темы исследования ................................................................................. 5
Степень разработанности темы исследования............................................................. 7
Цель исследования .......................................................................................................... 9
Задачи исследования:...................................................................................................... 9
Научная новизна исследования ................................................................................... 10
Теоретическая и практическая значимость работы................................................... 11
Методология и методы исследования......................................................................... 13
Методы выявления микобактерий............................................................................... 14
Идентификация микобактерий .................................................................................... 18
Методы тестирования лекарственной чувствительности/устойчивости
микобактерий.............................................................................................................. 22
Определение генотипа микобактерий туберкулеза ................................................... 26
Статистическая обработка данных.............................................................................. 27
Личный вклад автора в получение результатов......................................................... 27
Основные положения диссертации, выносимые на защиту ..................................... 28
Степень достоверности и апробация результатов ..................................................... 28
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ .............................................................................. 30
1.1. Выявление микобактерий...................................................................................... 30
1.1.1. Выявление и диагностика туберкулеза в медицинских учреждениях
различного профиля................................................................................................ 30
1.1.2. Сравнительная характеристика методов выявления микобактерий ....... 32
1.1.3. Алгоритмы обследования больных по выявлению микобактерий.......... 37
1.2. Лекарственная устойчивость M.tuberculosis....................................................... 38
1.2.1. Лекарственно-устойчивый туберкулез в XXI веке.................................... 38
1.2.2. Сопоставление методов тестирования лекарственной чувствительности
микобактерий туберкулеза..................................................................................... 43
1.2.3. Распространенность мутаций, связанных с устойчивостью .................... 49
Mycobacterium tuberculosis к изониазиду, рифампицину и фторхинолонам.... 493
1.2.4. Распространенность генотипов микобактерий туберкулеза в мире и
Российской Федерации........................................................................................... 51
1.3. Нетуберкулезные микобактерии .......................................................................... 53
1.3.1. Эпидемиологические аспекты..................................................................... 53
1.3.2. Видовое разнообразие нетуберкулезных микобактерий и
распространенность микобактериоза в мире и Российской Федерации........... 55
1.3.3. Лекарственная устойчивость нетуберкулезных микобактерий ............... 57
РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ ............................................. 61
ГЛАВА 2. СРАВНИТЕЛЬНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ЭФФЕКТИВНОСТИ
МЕТОДОВ ВЫЯВЛЕНИЯ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА В РЕСПУБЛИКЕ
МАРИЙ ЭЛ .................................................................................................................... 61
2.1. Оценка эффективности первичного выявления M.tuberculosis различными
методами у лиц, обследуемых в учреждениях нетуберкулезного профиля ........ 61
2.2. Эффективность выявления микобактерий туберкулеза по данным
специализированной бактериологической лаборатории ГБУ РМЭ
«Республиканский противотуберкулезный диспансер» ........................................ 64
2.3. Оценка достоверности результатов диагностики туберкулеза, полученных
методом ПЦР в режиме реального времени на поздних циклах амплификации 68
ГЛАВА 3. ОПРЕДЕЛЕНИЕ УРОВНЯ И СПЕКТРА ЛЕКАРСТВЕННОЙ
УСТОЙЧИВОСТИ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА, ВЫДЕЛЕННЫХ НА
ТЕРРИТОРИИ РЕСПУБЛИКИ МАРИЙ ЭЛ.............................................................. 76
3.1. Ретроспективный анализ динамики уровня распространенности и структуры
лекарственной устойчивости M.tuberculosis, выделенных в Республике Марий
Эл на протяжении 20 лет исследования у различных групп больных
туберкулезом .............................................................................................................. 77
3.2. Тестирование развернутого спектра лекарственной устойчивости
микобактерий туберкулеза, циркулирующих на территории Республики Марий
Эл, фенотипическими методами .............................................................................. 804
3.3. Определение спектра мутаций, ассоциированных с устойчивостью к
изониазиду, рифампицину и фторхинолонам у штаммов M.tuberculosis,
выделенных в Республике Марий Эл....................................................................... 86
3.4. Изучение принадлежности к генетическому кластеру штаммов микобактерий
туберкулеза, выделенных от различных групп больных туберкулезом .............. 93
3.5. Сопоставление результатов тестирования лекарственной устойчивости
M.tuberculosis генотипическим и фенотипическими методами и анализ
целесообразности включения их в региональный диагностический алгоритм... 96
ГЛАВА 4. ВЫЯВЛЕНИЕ НЕТУБЕРКУЛЕЗНЫХ МИКОБАКТЕРИЙ И
ИЗУЧЕНИЕ ОСОБЕННОСТЕЙ ИХ ПОПУЛЯЦИИ, ЦИРКУЛИРУЮЩЕЙ В
РЕСПУБЛИКЕ МАРИЙ ЭЛ....................................................................................... 101
4.1. Выделение нетуберкулезных микобактерий и анализ результатов их
идентификации......................................................................................................... 101
4.2. Определение спектра лекарственной устойчивости нетуберкулезных
микобактерий............................................................................................................ 107
ГЛАВА 5. ОПТИМИЗАЦИЯ РЕГИОНАЛЬНОГО АЛГОРИТМА ВЫЯВЛЕНИЯ
МИКОБАКТЕРИЙ ...................................................................................................... 113
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ........................................................................................................... 118
ВЫВОДЫ..................................................................................................................... 137
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ..................................................................... 139
ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ .................................... 140
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ......................................................................................... 141
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ........................................................................................... 144
