Введение
ГЛАВА 1. Литературный обзор 8
1.1. Основные методы анализа структуры белков по их спектрам кругового дихроизма 8
1.1.1. Анализ с помощью спектров «идеальных» элементов вторичной структуры 9
1.1.1.1. Использование спектров модельных пептидов 9
1.1.1.2. Получение базовых спектров из спектров белков с известной структурой 11
1.1.1.3. Метод выпуклого граничного анализа спектров КД. 14
1.1.2. Непосредственное использование в разложении спектров белков с известной вторичной структурой 16
1.1.2.1. Метод гребневой регрессии 19
1.1.2.2. Разложение по существенным значениям 21
1.1.2.3. Метод гибкого выбора решения 24
1.1.2.4. Метод нейронных сетей. 25
1.1.3. Чувствительность спектров КД к супервторичной структуре глобулярных белков 29
1.2. Белки в состоянии «расплавленной глобулы 31
1.2.1. Равновесное состояние расплавленной глобулы 32
1.2.2. Расплавленная глобула как кинетический интермедиат 36
ГЛАВА 2. Материалы и методы 39
2.1. Получение набора спектров белков с известным классом третичной структуры 39
2.2. Методы факторного анализа и теории распознавания образов 41
2.2.7. Поиск значащих компонент 41
2,2.2. Метод решающих функций 43
2.2.3. Метод иерархической классификации, или кластерного анализа 45
2.3. Получение и анализ спектров КД белков в состоянии расплавленной глобулы 49
ГЛАВА 3. Анализ чувствительности спектров кд глобулярных белков к классу третичной структуры 58
3.1. Представление спектра в виде точки в пространстве амплитуд.,.. 58
3.2. Получение набора спектров белков с известным классом третичной структуры 58
3.3. Визуализация распределения образов в пространстве 59
3.4. Исследование распределения образов с помощью иерархической классификации 62
3.5. Построение алгоритма определения класса третичной структуры белка по его спектру КД. 67
ГЛАВА 4. Анализ спектров кд белков в состоянии расплавленной глобулы 70
4.1. Спектры КД нашивных белков и белков в состоянии расплавленной глобулы 72
4.2. Информационное содержание спектров КД расплавленных глобул .. 72
4.3. Оценка содержания вторичной структуры в расплавленных глобулах по спектрам КД: сравнение срентгеноструктурными данными... 81
Выводы 89
Благодарности 90
Список литературы 91
