Введение
Глава 1. Обзор литературы 22
1.1. Современные представления о клинических проявлениях и этиологии болезней пародонта: пародонтита и гингивита 22
1.2. Исследования микробиома пародонта человека молекулярными методами 27
1.3. Животные модели болезней пародонта 49
1.4. Формирование биопленок, симбиотические отношения пародонтопатогенов и модели болезней пародонта in vitro 55
1.5. Заключение к литературному обзору 83
1.5.1. Анализ современных подходов к классификации и диагностике болезней пародонта 83
1.5.2. Роль бактериальной биоплёнки в развитии болезней пародонта и анализ уровня знаний о ней 84
1.5.3. Критический разбор методов количественного анализа состава микробиома при выполнении клинических исследований 86
1.5.4. Обоснование подхода к исследованию нормальной (протекторной) микрофлоры пародонта 88
1.5.5. Обоснование вероятности существования гендерных различий в течении пародонтита у человека 89
Результаты собственных исследаний 91
Глава 2. Отработка метода сбора и обработки биологического материала для диагностики состава микробиома пародонтита молекулярными методами 91
2.1. Отработка метода выделения ДНК из зубного налета с целью молекулярного исследования состава его микробиома 91
2.2. Нормировка сигнала детектирующего амплификатора и подготовка материалов выборки №2 к статистической обработке 94
2.3. Оценка гомогенности состава микробиома образцов мягкого и твёрдого зубного налета у пациентов с высокой и низкой степенью сохранности пародонта 95
Глава 3. Сравнительное исследование микробиома пародонта пациентов с агрессивным пародонтитом методом глубокого секвенирования банков 16S рДНК 100
3.1. Формирование выборок 100
3.2. Получение библиотек 16S рДНК и их анализ с помощью глубокого секвенирования на платформе Illumina 101
3.3. Сравнение результатов исследования смывов пародонта методами глубокого секвенирования 16S pДНК и ПЦР в реальном времени 103
Глава 4. Разработка и тестирование тест-систем на основе ПЦР в реальном времени формата Taqman для количественной детекции кандидатных пародонтопротекторов V. parvula и S. sanguinis 108
4.1. Последовательность праймеров 108
4.2. Оценка специфичности праймеров для количественного определения V. parvula и S. sanguinis 110
Глава 5. Сравнительное исследование представленности выявленных групп пародонтопатогенов и пародонтопротекторов в мягком налете пациентов с поражениями пародонта различных типов методами ПЦР в реальном времени 113
5.1. Анализ распределения пациентов по возрастам 113
5.2. Описательная статистика по результатам ПЦР-анализа представленности ДНК-маркеров пародонтопатогенов по Сокранскому с применением набора «Дентофлор» и пародонтопротекторов V. parvula и S. sanguinis с применением вновь созданных тест-систем 118
5.3. Анализ взаимного влияния представленности на пародонте основных патогенов и потенциальных пародонтопротекторов 127
5.4. Анализ корреляционной статистики по Спирману 129
Заключение 137
Выводы 149
Практические рекомендации 150
Перспективы дальнейшей разработки темы 151
Список сокращений 152
Благодарности 154
Список литературы 155
Приложение 179
