Введение
Глава 1. Обзор литературы 27
1.1 Патогенные Escherichia coli и их роль в патологии человека и животных 27
1.2 Энтеротоксигенные E. coli (ЕТЕС) 29
1.2.1 Эпидемиология ЕТЕС инфекции 29
1.2.2 Факторы вирулентности ЕТЕС 30
1.2.2.1 Энтеротоксины ЕТЕС 30
1.2.2.2 Факторы адгезии и колонизации ЕТЕС 32
1.2.3 Антибиотикорезистентность среди ЕТЕС: распространение и молекулярные механизмы 33
1.2.3.1 Гены бета-лактамаз в энтеротоксигенных E. coli 33
1.2.3.2 Интегроны в патогенных кишечных палочках 34
1.2.4 Лабораторная диагностика энтеротоксигенных E. coli 34
1.3 Шига-токсин продуцирующие E. coli (STEC) – возбудители геморрагического колита (ГК) и ассоциированного с ним гемолитико уремического синдрома (ГУС) 36
1.3.1 Общая характеристика STEC 36
1.3.2 Энтерогеморрагические E. coli (ЕНЕС) 37
1.3.3 Шига-токсин продуцирующие E. coli, не относящиеся к ЕНЕС 37
1.3.4 Факторы вирулентности ЕНЕС 40
1.3.4.1 Факторы адгезии ЕНЕС 40
1.3.4.2 Шига-токсины типов 1 и 2 - Stx1 и Stx2 41
1.3.4.3 Энтерогемолизины: общая характеристика, генетические детерминанты 43
1.3.5 Антибиотикорезистентность среди STEC: распространение и молекулярные механизмы 43
1.3.6 Патогенез гемолитико-уремического синдрома 45
1.3.7 Лабораторная диагностика STEC 45
1.4 Методы генотипирования диареегенных E. coli 48
1.4.1 Онлайн ресурс для изучения геномной эпидемиологии диареегенных E. coli 50
1.5 Лечение и профилактика эшерихиозов 51
1.6 Перспективы разработки лечебных и профилактических препаратов против ETEC- и STEC-инфекций 52
1.7 Заключение по обзору литературы 54
Результаты собственных исследований 56
Глава 2. Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика ЕТЕС, выделенных в России в 2011-2012 гг 56
2.1 Описание вспышки острой кишечной инфекции в г. Череповце и спорадического случая острой кишечной инфекции в г. Владивостоке 56
2.1.1 Выделение и идентификация штаммов ЕТЕС из клинического материала и продуктов питания во время вспышки кишечной инфекции в г. Череповце и при спорадическом случае в г. Владивостоке 56
2.2 Фенотипическая характеристика штаммов ЕТЕС 57
2.2.1 Серогрупповая принадлежность 57
2.2.2 Продукция термолабильного энтеротоксина 57
2.2.3 Чувствительность к антимикробным препаратам 60
2.3 Молекулярно-генетическая характеристика штаммов ЕТЕС 61
2.3.1 Разработка праймеров для детекции генов вирулентности ЕТЕС 62
2.3.2 Определение наличия генов энтеротоксинов в штаммах ETEC 63
2.3.3 Детекция генов факторов адгезии 66
2.3.4 Молекулярные механизмы антибиотикорезистентности ЕТЕС 66
2.3.5 Генотипирование штаммов ЕТЕС 69
2.4 Заключение по Главе 2 72
Глава 3. Фенотипическая и молекулярно-генетическая характеристика шига токсин продуцирующих Е. coli 74
3.1 Вспышка острой кишечной инфекции, вызванная STEC штаммами 74
3.1.1 Эпидемиология вспышки и клинические проявления STEC инфекции 74
3.1.2 Выделение и идентификация STEC штаммов от больных геморрагическим колитом детей и образцов сырого питьевого молока 75
3.1.3 Фенотипические свойства и генетические детерминанты вирулентности 79
3.1.4. Сравнительный анализ геномов штаммов Е. coli 0157:Н7 и Е coli 82
3.1.5 Анализ геномов штаммов Е. coli 61-58 и Е. coli 13573 с помощью онлайн сервисов Центра геномной эпидемиологии CGE 84
3.1.6 Мультилокусное сиквенс-типирование штаммов STEC 88
Глава 4. Фенотипическая и молекулярно-генетическая характеристика диареегенных Escherichia coli, выделенных в 2015-2016 гг 93
4.1 Описание коллекции изолятов диареегенных Е. coli 94
4.2 Определение патогрупп диареегенных эшерихий, генов вирулентности и О-серогрупповой принадлежности с помощью ПЦР-РВ 94
Глава 5. Индикация и выделение шига-токсин продуцирующих Escherichia coli из клинического материала и продуктов питания с помощью полимеразной цепной реакции и иммуномагнитной сепарации 99
5.1 Алгоритм быстрой идентификации STEC культур в клиническом материале 99
5.1.1 Пробоподготовка клинического материала и образцов пищевых 99
5.1.2 Идентификация патотипов диареегенных эшерихий 100
5.1.3 Тестирование EAgEC-, ЕРЕС- и/или ЕНЕС-позитивных образцов на наличие в них генов, определяющих синтез О-антигенов Е coli 100
5.1.3.1 Разработка системы праймеров и флюоресцентных зондов для детекции 100
5.1.3.2 Определение О-серогрупп специфичных генов диареегенных Е coli 104
5.1.4 Выделение культур Е coli с помощью иммуномагнитных частиц, специфичных к определённым серогруппам E coli 106
5.1.5 Определение генов вирулентности в выделенных чистых культурах E coli 106
5.1.6 Определение продукции шига-токсинов 1 и/или 2 типов 106
5.2 Практика выделения STEC штаммов из искусственно контаминированных образцов продуктов питания и объектов внешней среды 108
5.3 Заключение по Главе 5 110
Заключение 112
Выводы 116
Практические рекомендации 118
Перспективы дальнейшей разработки темы 119
Список сокращений 120
Список литературы 121
Приложение 144
