Оглавление
Список сокращений
ГЛАВА 1. ИССЛЕДОВАНИЕ МЕЖМОЛЕКУЛЯРНЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ПРИ
ПОМОЩИ МЕХАНИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ............................................................................... 9
§1.2. Интерпретация результатов силовой спектроскопии ............................................. 18
§1.3. Дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) ................................................................. 21
§1.4. Исследование энергетического профиля денатурации коротких молекул ДНК .. 22
ГЛАВА 2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ ......................................................................... 31
ГЛАВА 3. ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОЧНОСТИ МОДЕЛЬНЫХ ДНК/ДНК- КОМПЛЕКСОВ
37
§ 3.1. Оценка эффективности иммобилизации на подложке и гибридизации модельных
олигодезоксирибонуклеотидов ............................................................................................... 38
§ 3.2. Оценка плотности расположения олигодезоксирибонуклеотидов на острие зонда
АСМ 41
§ 3.3. Влияние рельефа подложки на механизм диссоциации ДНК/ДНК-комплекса ....... 47
§ 3.4. Исследование неспецифических взаимодействий между зондом и подложкой ..... 52
§ 3.5. Исследование влияния солевых условий среды на прочность ДНК/ДНК
комплекса .................................................................................................................................. 53
§ 3.6. Исследование влияния однонуклеотидного несоответствия на прочность
ДНК/ДНК-комплекса ............................................................................................................... 54
§ 3.7. Исследование температурной зависимости прочности модельных ДНК/ДНК
комплексов ............................................................................................................................... 56
§ 3.8. Выводы главы................................................................................................................. 59
ГЛАВА 4. ИССЛЕДОВАНИЕ ЭНЕРГЕТИЧЕСКОГО ПРОФИЛЯ МЕХАНИЧЕСКОЙ
ДЕНАТУРАЦИИ ДВОЙНОЙ СПИРАЛИ ДНК ....................................................................... 61
§4.2. Денатурация модельного комплекса в режиме последовательного разделения
нуклеотидов .............................................................................................................................. 64
§ 4.3. Влияние нуклеотидного состава на прочность ДНК/ДНК-комплекса. Выбор
модельной системы олигонуклеотидов ................................................................................. 66
§4.4.Исследование кинетики комплексообразования ....................................................... 67
§4.5. Исследование методом АСС энергетического профиля механической
денатурации в сдвиговом режиме модельных комплексов с АТ- и GC- богатыми
концами ................................................................................................................................. 70
§4.6. Исследование энергетического профиля механической денатурации модельных
комплексов с АТ- и GC- богатыми концами методом REVS .......................................... 77
§4.7. Исследование метастабильного состояния, возникающего при механической
денатурации дуплекса ДНК .................................................................................................... 84
§4.8. Выводы главы.................................................................................................................. 89
ЗАКЛЮЧЕНИЕ............................................................................................................................ 90
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ........................................................................................................... 95
