Введение
Глава 1.Обзор литературы 12
1.1. Иерархия структурной организаций белков 13
1.1.1. Первичная структура 13
1.1.2. Вторичная структура 15
1.1.3. Супервторичная структура 17
1.1.4. Доменная структура 18
1.1.5. Третичная структура 20
1.1.6. Четвертичная структура 22
1.2. Предсказание белковых структур 23
1.2.1. Общие принципы статистических методов предсказания 24
1.2.2. Дизайн первичной структуры 25
1.2.3. Предсказание вторичной структуры 25
1.2.4. Предсказание супервторичной структуры 26
1.2.5. Предсказание доменной структуры 27
1.2.6. Предсказание третичной структуры 27
1.2.7. Предсказание четвертичной структуры 32
1.3. Особенности практического применения методов моделирования третичной структуры белков 34
1.3.1. Автоматизация моделирования 34
1.3.2. Моделирование мембранных белков 35
1.3.3. Построение моделей белков и белковых комплексов в сложных случаях 37
Глава 2.Методы 40
Глава 3.Разработка программы FILTREST3D 43
Глава 4.Резулкгаты и обсуждение 47
4.1. Моделирование структуры гемолизина II Bacillus cereus 47
4.1.1. Построение модели гептамера Hlyll 51
4.1.2. Анализ структуры гептамера Hlyll 52
4.1.3. Построение и анализ моделей структур гексамера и октамера Hlyll 57
4.1.4. Построение и анализ модели структуры С-концевого домена Hlyll 58
4.2. Моделирование структуры комплексов металлопротеазы ТАСЕ с субстратами 61
4.2.1. Выбор оптимального метода для докинга лигандов к ТАСЕ 64
4.2.2. Построение и анализ структуры комплекса ТАСЕ с фрагментом коллагена XVII типа 68
4.3. Моделирование структуры OmpF-подобного белка Yersinia pseudotuberculosis 71
4.3.1. Построение модели структуры OmpF-подобного белка и выбор перспективных антигенных районов 72
4.4. Моделирование структуры белка EtSAGl Eimeria tenella 75
4.4.1. Построение модели белка EtSAGl 76
4.4.2. Анализ модели белка EtSAGl 80
4.5. Моделирование структур белка ARNO человека и предположительно взаимодействующих с ним белков а2 и ARF6 83
4.5.1. Построение и анализ моделей структуры белка ARNO 87
4.5.2. Построение и анализ модели структуры комплекса ARNO с ARF6 90
4.5.3. Построение и анализ моделей ARNO с экспериментально полученными структурами РВ домена 92
4.5.4. Построение и анализ модели белка а2 94
4.5.5. Построение модели структуры комплекса ARNO и a2N 98
Заключение 100
Выводы 102
Благодарности 103
Список литературы 103
