Введение
II. Обзор литературы. типы ретроэлементов и их взаимодействие с геномом человека . 6
I. Основные типы ретроэлементов генома человека. 6
1. Длинные диспергированные ядерные повторы (LINE). 7
1.1. Класс LINE 1. 7
1.1.1. Структура. 7
1.1.2. Классификация и номенклатура. 7
1.1.3. Размножение LINE 1 в геноме человека в процессе эволюции . 12
1.1.3.1 .Транскрипция
и посттранскрипционые модификации РНК LINE 1. 12
1.1.3.2.Трансляция ORF1 и ORF2 и функции ORF1 р и ORF2p. 15
1.1.3.3 .Обратная транскрипция и интеграция в геном. 19
1.1.3.4.0бразование инвертированных и 5 укороченных копий L1
элементов. 22
1.2. Классы LINE2, LINE3, HAL1. 23
2. Короткие диспергированные ядерные повторы (SINE). 24
2.1. Alu элементы. 24
2.1.1. Структура. 24
2.1.2. Номенклатура. 24
2.1.3. Размножение Alu в геноме человека в процессе эволюции . 25
2.2. MIR элементы. 25
3. Ретроэлементы, содержащие длинные концевые повторы . 26
3.1. LTR-ретротранспозоны - MaLR. 26
3.2. HERV - эндогенные ретровирусы человека. 26
3.2.1.1.Структура. 26
3.2.1.2.Номенклатура. 28
3.2.1.3.Размножение HERV в геноме человека в процессе эволюции. 30
4. Химерные элементы. 31
4.1. SINE-R. 31
4.2. SVA. 32 II. Взаимодействие ретроэлементов с геномом человека . 32
5. Белки, кодируемые ретроэлементами, участвуют в некоторых клеточных процессах. 32
6. Последовательности ретроэлемеитов входят в состав регуляторных областей различных генов человека 33
7. Фрагменты последовательности ретроэлемеитов могут входить в кодирующую последовательность генов человека. 37
8. Геномные перестройки, ассоциированные с транспозиционной активностью ретроэлемеитов. 38
8.1. Инсерционный мутагенез. 38
8.2. Размножение неавтономных ретроэлемеитов и образование процессированных псевдогенов. 43
8.3. L1-опосредованная трансдукция. 44
8.4. Гомологичная рекомбинация. 45
8.5. Генная конверсия 46
9. Инактивация X хромосомы. 46
10. Способы регуляции активности ретроэлемеитов в клетке. 47
Заключение. 49
III. Экспериментальная часть 50
Материалы 50
Методы 53
IV. Результаты и обсуждение 69
1. Поиск видоспецифических и полиморфных интеграции L1 элементов и определение их локализации относительно генов человека. 69
2. Биоинформатический поиск полиморфных интеграции L1 элементов, расположенных в интронных областях генов человека. 76
3. Генотипирование серии опухолевых клеточных линий человека различного тканевого происхождения. 78
4. Определение уровней транскрипции аллельных вариантов генов, отличающихся полиморфными инсерциями ретроэлемента L1. 81
5. Создание набора рекомбинантных конструктов для функционального анализа
интронных ретроэлемеитов в системе транзиентнои экпрессии репортерного гена. 89
V. Выводы 94
Список литературы 95
