Введение
1. Введение 11
2. Литературный обзор
2.1 Особенности метаболизма молликут 14
2.2 Реконструкции карт метаболизма исследуемых организмов 20
2.3 Основные методы, используемые для анализа метаболитов бактерий
2.3.1 Тушение метаболизма и экстракция метаболитов 28
2.3.2 Методы разделения и анализа метаболитов
2.3.2.1 Газовая хроматография 34
2.3.2.2 Капиллярный электрофорез 35
2.3.2.3 Жидкостная хроматография 35
2.3.2.4 Выбор оптимальных условий проведения хроматографического разделения метаболитов 42
2.3.3 Детектирование и идентификация метаболитов 47
2.4 Обработка данных и интерпретация результатов анализа метаболитов 51
2.4.1 Обработка полученных данных 51
2.4.2 Способы интерпретации полученных результатов 56
2.5 Оценка адаптационных возможностей бактерий с применением метаболомного анализа
2.5.1 Применение качественного анализа метаболитов 59
2.5.2 Применение количественного анализа метаболитов 61
2.6 Перспективы метаболомики 64
3. Материалы и методы исследования 68
3.1 Штамм бактерий и условия культивирования 68
3.2 Определение устойчивости культуры к кислотному и осмотическому воздействию
3.2.1 Определение устойчивости культуры к кислотному воздействию 69
3.2.2 Определение устойчивости культуры к осмотическому воздействию...
3.3 Химические реактивы 70
3.4 Экстракция метаболитов 71
3.5 Инструменты и ВЭЖХ-МС параметры 72
3.6 Идентификация метаболитов и программное обеспечение 73
3.7 Сравнительный анализ метаболомов S. melliferum, М. gallisepticum и А. laidlawii 73
3.8 Выравнивание аминокислотных последовательностей 75
4. Результаты и обсуждение 76
4.1 Анализ метаболома бактерий A laidlawii, S. melliferum иМ gallisepticum.. 76
4.2 Реконструкция метаболизма S. melliferum, М. gallisepticum nA.laidlawii
4.2.1 Удаление реакций из первичной схемы метаболизма 81
4.2.2 Реакции, приводящие к образованию «мертвых концов» в схеме метаболизма 82
4.2.3 Заполнение пробелов в схеме метаболизма 83
4.2.4 Выявленные особенности метаболизма молликут
4.3 Пентозофосфатный путь в клетках молликут 85
4.4 Составление списков возможных внутриклеточных метаболитов исследуемых видов молликут 88
4.5 Детектирование метаболитов трех видов молликут с помощью метода ВЭЖХ-МС/МС 89
4.6 Идентификация метаболитов бактерий A. laidlawii, S. melliferum u М. gallisepticum 93 4.7 Сравнительный количественный анализ метаболомов трех видов М.
gallisepticum, A. laidlawii и S. melliferum 99
4.8 Накопление метаболитов относительно компонентов отдельных метаболических путей S. melliferum, М. gallisepticum иА. laidlawii 103
4.9 Влияние аминокислотных замен на активность ферментов
4.10 Исследование адаптации молликут к кислотному воздействию 113
4.11 Исследование адаптации молликут к осмотическому воздействию
5. Заключение 126
6. Выводы 127
7. Благодарности 129
8. Список литературы
