Введение
Обзор литературы 12
1. Жгутиковая подвижность бактерий 12
1. 1. Общая характеристика 12
1. 2. Строение и сборка бактериального жгутика 13
1. 3. Ультраструктура филамента 17
1. 4. Множественность флагеллиновых генов у бактерий 19
2. Краткая характеристика бактериальных пилей IV-го типа 20
2. 1. Общие сведения 20
2. 2. Ультраструктура пилей IV-го типа 23
2. 3. Сборка пилей IV-го типа 24
3. Жгутиковая подвижность Архей 27
3. 1. Общая характеристика 27
3. 2. Организация генов аппарата подвижности Архей 29
3. 3. Регуляция сборки аппарата жгутиковой подвижности Архей 31
3. 4. Исследование структуры жгутика Архей 33
3. 5. Гликозилирование белков у Архей 37
3. 6. Эксперименты по инактивации генов флагеллинов 39
4. Другие поверхностные структуры архей 41
4. 1. Краткая характеристика других поверхностных структур архей 41
Экспериментальная часть 44
5. Материалы и методы исследования 44
5. 1. Химические реагенты и ферменты 44
5. 2. Буферы и другие растворы, использованные в работе 45
5. 3. Среды 46
5. 4. Штаммы микроорганизмов 46
5. 5. Плазмиды 47
5. 6. Методы 47
5. 6. 1. Выделение плазмидной ДНК 47
5. 6. 2. Выделение тотальной ДНК H. marismortui 47
5. 6. 3. Полимеразная цепная реакция 48
5. 6. 4. Обработка ДНК эндонуклеазами рестрикции 48
5. 6. 5. Электрофорез ДНК в геле агарозы 49
5. 6. 6. Очистка фрагментов ДНК 49
5. 6. 7. Лигирование ДНК 49
5. 6. 8. Использование Т-вектора для клонирования ПЦР-продуктов 49
5. 6. 9. Получение компетентных клеток Escherichia coli 49
5. 6. 10. Трансформация компетентных клеток Escherichia coli плазмидной ДНК 50
5. 6. 11. Инактивация гена flaB H. marismortui 50
5. 6. 12. Выделение жгутиков 52
5. 6. 13. Электрофорез белков в ДСН-ПААГ 52
5. 6. 14. Специфическое окрашивание для идентификации гликопротеинов 53
5. 6. 15. Сканирующая микрокалориметрия 53
5. 6. 16. Масс-спектрометрия 54
5. 6. 17. Электронная микроскопия 54
5. 6. 18. Ограниченный протеолиз филаментов H. marismortui 55
5. 6. 19. Изучение гетерогенности флагеллинов H. marismortui и H.
lacusprofundi 55
5. 6. 20. Трансформация клеток H. marismortui 56
5. 6. 21. Получение поликлональных антител 57
5. 6. 22. Иммуноблоттинг 57
5. 6. 23. CHN-анализ 58
5. 6. 24. Выделение триптического фрагмента FlaB-флагеллина
H. marismortui (TF-FlaB) и определение его границ 58
5. 6. 25. Биоинформатический анализ флагеллинов H. marismortui 59
Результаты исследования и их обсуждение 60
6. Изучение молекулярной организации жгутиков H. marismortui 60
6. 1. Выделение и характеристика жгутиков H. marismortui 60
6. 2. Сканирующая микрокалориметрия 72
6. 3. Анализ последовательностей флагеллинов H. marismortui 74
6. 4. Обнаружение гетерогенности FlaB-флагеллина в составе филаментов 77
6. 5. Гликозилирование флагеллинов H. marismortui 81
6. 6. Выделение структурного домена FlaB-флагеллина H. marismortui 83
6. 7. Роль избыточности по генам флагеллинов у H. marismortui. 86
6. 8. Биоинформатический анализ флагеллинов H. marismortui 92
7. Исследование молекулярной организации жгутиков Halorubrum lacusprofundi 96
7. 1. Изучение свойств жгутиков H. lacusprofundi 96
Заключение 101
Выводы 104
Список использованной литературы 105
