Введение
1. Обзор литературы 9
1.1. Молекулярно-биологическая организация ортопоксвирусов 9
1.2. Организация генома ортопоксвирусов 12
1.3. Гены круга хозяев 17
1.4. Молекулярные факторы вирулентности ортопоксвирусов 19
1.5. Структурные перестройки в геномах ортопоксвирусов 22
1.6. Модели возникновения дупликаций, транспозиций и делений концевых последовательностей 29
1.7. Гомологичная рекомбинация. 31
2. Материалы и методы 33
2.1. Материалы 33
2.2. Выделение и анализ плазмидной ДНК 35
2.3. Получение компетентных клеток E.coli 36
2.4. Трансформация компетентных клеток E.coli 37
2.5. Получение геномных библиотек в космидном векторе 37
2.6. Компьютерный анализ данных секвенирования 38
3. Результаты и обсуждение 39
3.1. Создание плазмидных и космидных клонотек фрагментов ДНК ВНО тамма Индия-1967. 39
3.1.1. Получение и характеризация коллекций гибридных плазмид, содержащих НіпйШ- и ^Yftol-фрагменты ДНК ВНО штамма Индия-1967 39
3.1.2. Получение и характеризация библиотеки космид, содержащих «dill-фрагменты ДНК ВНО штамма Индия-1967 48
3.1.3. Использование полученных клонотек фрагментов ДНК ВНО-ИНД для секвенирования полной кодирующей последовательности генома данного вируса 53
3.2. Получение и характеризация коллекции гибридных плазмид, содержащих >А7ю1-фрагменты генома ВНО штамма Гарсия-1966 54
3.3. Создание международного репозитория гибридных плазмид, содержащих фрагменты ДНК ВНО 58
3.4. Организация генома вируса variola major ВНО-ИНД 61
3.5. Сравнение геномов вирусов ВНО major и ВОВ 66
3.6. Организация генома штамма Гарсия-1966 ВНО minor alastrim 72
3.7. Сравнение геномов вирусов ВНО и вируса оспы верблюдов 79
3.8. Сравнение организации молекулярных факторов вирулентности ВНО,ВОВиВОВБ 83
3.9. Интегральная схема преодоления вирусом натуральной оспы защитных барьеров организма 101
3.10. Молекулярная эволюция ортошжсвирусов 106
3.10.1. Различия в нуклеотидных последовательностях ДНК вирусов натуральной оспы и осповакцины 106
3.10.2. Механизмы рекомбинационных перестроек ортопоксвирусных ДНК 129
4. Выводы 134
5. Приложение 1 135
6. Список литературы 178
