Введение
ГЛАВА 1. Современные подходы к решению задач qsar/qspr анализа токсичности, липофильности и растворимости в воде органических соединений (обзор литературы) 9
1.1. Анализ источников информации по токсичности и физико-химическим свойствам. Объекты QSAR исследований острой токсичности. 12
1.2.Кластеризация соединений при QSAR изучении токсичности. 16
1.3. Описание и представление структуры органических соединений при QSAR/QSPR анализе токсичности и физико-химических свойств . 16
1.3.1. Топологические дескрипторы. 17
1.3.2. Фрагментарные дескрипторы 19
1.3.3. Квантово-химические дескрипторы 20
1.3.4. Физико-химические дескрипторы 21
1.3.5. Дескрипторы молекулярных полей 22
1.4.Статистические методы моделирования токсичности 24
1.4.1. Регрессионный анализ. 24
1.4.2. Статистические методы классификации органических соединений по величине их токсичности
1.5. Валидация QSAR моделей токсичности 27
1.6. QSAR модели острой токсичности 28
1.7. Экспертные системы, позволяющие прогнозировать различные виды токсичности.
1.7.1. «PASS». 31
1.7.2. «ACD/Percepta» 31
1.7.3.«OCHEM». 33
1.7.4. «Программный комплекс оценки и прогнозирования экологической опасности органических веществ» 34
ГЛАВА 2. Материалы и методы исследования 38
2.1. Симплексное представление молекулярной структуры. Программа «Lattice & Simplex Modelling». 38
2.2. Математические методы построения и интерпретации QSAR/QSPR моделей .
2.2.1. Метод частичных наименьших квадратов. Программа «Methods of Data Analysis» 41
2.2.2. Метод случайного леса. Программа «CF». 47
2.2.3. Методы опорных векторов и градиентного бустинга. Программа «SiRMS-SPCI». 49
2.3. Валидация полученных QSAR/ QSPR моделей 50
ГЛАВА 3. QSAR/QSPR анализ связи «структура-токсичность», «структура липофильность», «структура-растворимость в воде» органических соединений 53
3.1. Сбор и анализ экспериментальной информации по острой, репродуктивной токсичности, растворимости в воде и липофильности 53
3.2. QSAR анализ острой токсичности.
3.2.1. Глобальные модели острой токсичности. 55
3.2.2. Локальные модели острой токсичности
3.3. Исследование репродуктивной токсичности 81
3.4. Создание набора структурных фильтров при оценке токсичности органических соединений. 89
3.5.QSPR анализ липофильности и растворимости в воде органических соединений 90
ГЛАВА 4. Экспертная система прогнозирования токсичности, растворимости в воде, липофильности органических соединений «ToxExpert» 96
4.1. Интерфейс программного комплекса 96
4.2. Система управления базами данных «Toxic v.1.1.5.b»
4.2.1. Интерфейс СУБД «Toxic v.1.1.5.b» 97
4.2.2. Управление информацией в СУБД «Toxic v.1.1.5.b» 100
4.3. Программный комплекс «HIT QSAR Expert system» 101
Выводы 103
Список использованных источников
