Введение
ГЛАВА 1 Обзор литературы 16
1.1 Компьютерные базы данных геномных последовательностей 16
1.2 Компьютерные системы анализа геномных последовательностей 26
1.3 Методы компьютерного анализа геномных последовательностей
1.3.1 Методы статистического анализа геномных последовательностей .
1.3.2 Контекстно-зависимые конформационные и физико-химические свойства геномной ДНК 37
1.3.3 Методы анализа периодичностей в геномных последовательностях 41
1.3.4 Методы анализа сложности геномных последовательностей 45
1.3.5 Методы контекстного анализа геномных последовательностей 51
1.3.6 Статистическая механика связывания белков с геномной ДНК 59
Заключение по обзору литературы 76
глава 2 Компьютерная система bdnavideo: количественные характеристики днк сайтов связывания транскрипционных факторов 78
2.1 Количественные характеристики спирали ДНК ТАТА-боксов эукариот 80
2.1.1 ТАТА-боксы промоторов генов эукариот (введение) 82
2.1.2 Исследуемые последовательности ДНК ТАТА-боксов эу- и прокариот 91
2.1.3 Прототип компьютерной системы bDNAvideo анализ ТАТА-бокса 92
2.1.4 Результаты прототипа системы bDNAvideo в случае ТАТА-боксов 98
2.1.5 Верификация прототипа системы bDNAvideo для ТАТА-бокса 105
2.1.6 Распознавание ТАТА-боксов путем усреднения значимых контекстно-зависимых количественных характеристик промоторов генов эукариот 108
2.2 Количественные характеристики спирали ДНК сайтов
связывания транскрипционных факторов эукариот 113
2.2.1 Суперклассы транскрипционных факторов (введение) 113
2.2.2 Компьютерный анализ конформационных и физико-химических свойств спирали ДНК на примере сайтов связывания транскрипционного фактора EN 116
2.2.3 Компьютерный анализ спирали ДНК сайтов связывания транскрипционных факторов, представлявших все суперклассы 118
Заключение по главе 2 129
Глава 3 Компьютерная система activity: корреляция между сродством тата-связывающего белка к тата-боксу и количественными характеристиками ДНК 132
3.1 Создание компьютерной системы Activity на основе системы bDNAvideo 133
3.2 Сродство ТАТА-связывающего белка к однонитевым олигонуклеотидам ДНК 137
3.2.1 Анализ сродства ТАТА-связывающего белка к однонитевой ДНК 138
3.2.2 Верификация результатов системы Activity для сродства ТАТА-связывающего белка к нитям ДНК 140
3.3 Сродство ТАТА-связывающего белка к двунитевым олигонуклеотидам ДНК 145
3.4 Эмпирическое уравнение связывания ТВР с ТАТА-боксом 150
Заключение по главе 3 156
Глава 4 Компьютерная система activity: оценка влияния контекста на эффективность мутагенеза геномной ДНК 160
4.1 Количественные характеристики ДНК, коррелирующие с частотами повреждений гуанина лазерным ультрафиолетовым излучением с длиной волны 193 нм 160
4.2 Количественные характеристики локальных окрестностей 8-оксогуанина, коррелирующие с константой Михаэлиса и каталитической константой фермента 8-оксогуанин-ДНК гликозилаза человека 171
4.3 Количественные характеристики нуклеотидного контекста, значимые для сродства белка RecA к нитям ДНК 180
Заключение по главе 4 186
ГЛАВА 5 Контекстно-зависимые количественные характеристики днк, коррелирующие с активностью сайтов связывания транскрипционных факторов 195
5.1 Количественные характеристики ДНК сайта связывания транскрипционного фактора MEF-2 196
5.2 Количественные характеристики ДНК сайта связывания транскрипционного фактора USF 203
5.3 Количественные характеристики ДНК сайта связывания транскрипционного фактора YY1 210
Заключение по главе 5 224
Заключение
