Введение
1. Обзор литературы 7
1.1. Выбор объекта исследования 7
1.1.1. Стволовые клетки и канцерогенез 7
1.1.2. Сигнальные пути Wnt/Fzd 9
1.1.3. Белки Wnt и Fzd-рецепторы как биомишени для создания новых лекарственных препаратов 12
1.2. G-белок сопряженные рецепторы 14
1.3. Органические соединения, регулирующие сигнальный путь Wnt/Fzd 15
1.4. Пептидомиметики 19
1.5. Компьютерные методы моделирования 23
1.5.1. Моделирование по гомологии 24
1.5.2. Виртуальный скрининг 26
1.5.3. Дизайн органических соединений методом de novo 28
1.5.4. De novo моделирование пространственной структуры белков 30
1.5.5. Белок-белковый докинг 31
ГЛАВА 2. Моделирование пространственной структуры CRD-доменов FZD-рецепторов человека 33
2.1. Построение моделей пространственной структуры CRD-доменов 33
2.2. Моделирование полной пространственной структуры hFzdl-рецептора с использованием методов de novo дизайна 35
2.3. Анализ общих элементов структуры димерных CRD-доменов Fzd-рецепторов человека 39
2.4. Межсубъединичные взаимодействия в mFzd8 и hFzdS-рецепторах 46
ГЛАВА 3. Построение моделей пространственной структуры белков wnt человека и их комплексов с FZD-рецепторами 50
3.1. Построение пространственной модели структуры белка xWnt8 и его комплекса с CRD-доменом mFzd8-peu,enTOpa 50
3.2. Построение комплекса белка xWnt8 и димерного CRD-домена mFzd8-рецепторов методом белок-белкового докинга 54
3.3. Построение модели димерного xWnt8 белка 64
ГЛАВА 4. Сравнение моделей CRD-доменов HFZD- рецепторов и методы дизайна селективных органических соединений 66
4.1. Сайты связывания на поверхности димерных CRD-доменов Fzd-рецепторов 71
4.2. Сравнительный анализ димерных CRD-доменов рецепторов hFzd8nhFzd5 78
4.3. Сравнение сайтов связывания CRD-доменов рецепторов hFzdl, hFzd2, hFzd7nhFzd8 82
4.4.Сравнение рецепторов hFzd4 и hFzd8 88
4.5. Пути повышения селективности лигандов к рецепторам hFzd6 93
4.6. Структура CRD-доменов рецепторов группы hFzd9-10 97
4.7. Пептидные лиганды как ингибиторы димеризации CRD-доменов 101
ГЛАВА 5. Сравнение моделей белков WNT человека и дизайн фармакофорных групп селективных органических соединений 103
5.1. Белки xWnt8-hWnt8a-hWnt8b и фармакофорные группы селективных органических соединений 107
5.2. Увеличение селективности органических соединений к белкам hWnt8 и hWnt2b 109
5.3. Анализ различий в области 1 белков hWnt8 и hWnt3a 112
5.4. Сравнение сайтов связывания на поверхности белков hWnt8 и hWnt4 114
5.5. Анализ областей докинга лигандов для белков hWnt8 и hWntl 1 118
ГЛАВА 6. Дизайн органических соединений -перспективньгх агонистов и антагонистов WNT-FZD взаимодействий 122
6.1. Выбор сайтов связывания на поверхности биомишеней 122
6.2. Виртуальный скрининг 123
6.2.1. Выбор базы данных органических соединений 123
6.2.2. Подготовка базы данных 124
6.2.3. Сравнение жесткого и гибкого докинга 126
6.2.4. Подготовка биомишеней 127
6.2.5. Процедура виртуального скрининга (докинга) 128
6.2.6. Обработка и анализ результатов 130
6.2.7. Анализ результатов виртуального скрининга 131
6.3. Моделирование новых структур лигандов методами de novo 144
Выводы 154
Список литературы 155
