Введение
1 Обзор литературы 7
1.1 Аптамеры 7
1.1.1 Структура и применение аптамеров 7
1.1.2 Поиск и синтез аптамеров 10
1.2 Тромбин 12
1.2.1 Общая сведения 12
1.2.2 Аптамеры к тромбину 16
1.3 Цитохромы 22
1.3.1 Функции цитохромов 22
1.3.2 Суперсемейство цитохромов Р450 22
1.33 Цитохром Р450 51А1 26
1.4 Методы молекулярного моделирования 27
1.4.1 Метод молекулярной динамики : 28
1.4.2 Докинг. Исследование белок-лигандных взаимодействий 31
1.4.3 Виртуальный скрининг 33
1.4.4 Использование компьютерных методов для поиска аффинных
аптамеров 35
2 Объекты и методы 36
2.1 Объекты 36
2.2 Компьютерные методы
2.2.1 Докинг 37
2.2.2 Молекулярная динамика 37
2.2.3 Расчет энергий связывания 38
2.3 Экспериментальные методы 38
2.3.1 Синтез аптамеров 38
2.3.2 Экспериментальная проверка сконструированных аптамеров 39
3 Результаты 40
3.1 Анализ структур комплексов белок-аптамер и разработка стратегии компьютерного конструирования аптамеров 40
3.2 Исследование взаимодействия (анти)тромбинового аптамера с тромбином и претромбином-2 46
3.2.1 Поиск возможных сайтов взаимодействия тромбина с аптамерами методами молекулярного докинга 47
3.2.2 Исследование взаимодействия ТВА с тромбином и претромбином-2 методами молекулярной динамики 50
3.3 Компьютерное конструирование аптамеров к цитохрому Р450 51А1 62
3.3.1 Поиск сайта связывания аптамеров и конструирование "узнающего " фрагмента аптамера 62
3.3.2 Поиск конформации стабилизирующего участка аптамера 68
3.3.3 Экспериментальное тестирование 73
4 Обсуждение 76
Выводы 83
Список литературы
