ВВЕДЕНИЕ .............................................................................................................. 6
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ ...................................................................... 20
1.1. Эволюция системы управления эпидемическим процессом ВИЧ-
инфекции в СССР и России ................................................................................. 20
1.1.1. Диагностика ........................................................................................ 25
1.1.2. Лечение ................................................................................................ 30
1.1.3. Профилактическая работа ................................................................. 35
1.2. Математические модели ВИЧ-инфекции ................................................. 40
1.2.1. Модели «ВИЧ – Человек» ................................................................. 42
1.2.2. Модели «ВИЧ-инфекция – Лечение» ............................................... 44
1.2.3. Модели «ВИЧ – Популяция (население)» ....................................... 47
1.2.4. Модели «ВИЧ-инфекция – Управление» ......................................... 51
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ .............................................................. 55
2.1. Описательные эпидемиологические исследования .................................... 55
2.2. Аналитические эпидемиологические исследования .................................. 56
2.3. Лабораторные методы ................................................................................... 58
2.3.1. Генотипирование ВИЧ ......................................................................... 58
2.3.2. Филогенетический и эволюционный анализ ..................................... 59
2.3.3. Филогеографический анализ ............................................................... 60
2.3.4. Определение ранней стадии ВИЧ-инфекции посредством
выявления изотипоспецифических антител подкласса IgG3..................... 61
2.3.5. Модификация иммуноферментного набора для определения
вероятного срока заражения ВИЧ-инфекцией ............................................ 62
2.4. Системный анализ .......................................................................................... 65
2.5. Социологический метод ................................................................................ 65
2.6. Экспериментальные эпидемиологические исследования .......................... 66
2.6.1. Метод наименьших квадратов ............................................................ 66
2.6.2. Модель эпидемического процесса ВИЧ-инфекции с
использованием частоты встречаемости р24 антигена и теста на давность
заражения ........................................................................................................ 69
3
2.6.3. Модель эпидемического процесса ВИЧ-инфекции с
использованием частоты встречаемости р24 антигена .............................. 77
2.6.4. Влияние прироста населения на заболеваемость и пораженность
ВИЧ-инфекцией .............................................................................................. 79
2.6.5. Оценка управленческих воздействий в популяциях с различным
приростом численности населения .............................................................. 85
2.6.6. Охват населения скринингом необходимый для стабилизации
эпидемии ......................................................................................................... 88
2.6.7. Оптимальное распределение финансовых ресурсов ........................ 89
ГЛАВА 3. ВИЧ-ИНФЕКЦИЯ В КРАСНОЯРСКОМ КРАЕ ............................. 99
3.1. Эпидемиологические проявления ВИЧ-инфекции ................................. 99
3.2. Разнообразие субтипов ВИЧ в исследуемой популяции ...................... 104
3.3. Эпидемические кластеры и филодинамика подтипа А6 ВИЧ-1 .......... 108
3.4. Пути распространения подтипа А6 в Красноярском крае .................... 113
ГЛАВА 4. ОЦЕНКА СИСТЕМЫ УПРАВЛЕНИЯ ЭПИДЕМИЧЕСКИМ
ПРОЦЕССОМ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ........... 118
4.1. Анализ существующей системы ................................................................. 118
4.2. Трехкомпонентная модель системы управления эпидемическим
процессом ВИЧ-инфекции (демография – эпидемический процесс ВИЧ –
управление) .......................................................................................................... 127
4.2.1. Требования, параметры и принципы разработки математической
модели эпидемического процесса ВИЧ-инфекции ................................... 128
ГЛАВА 5. ПОДХОДЫ К ВЫЯВЛЕНИЮ ВИЧ-ИНФИЦИРОВАННЫХ ЛИЦ
НА РАННЕЙ СТАДИИ ЗАБОЛЕВАНИЯ ........................................................ 135
5.1. Модификация иммунного блота для определения давности заражения
посредством выявления изотипоспецифических антител подкласса IgG3 ... 138
5.2. Технология лабораторного определения вероятных сроков заражения
ВИЧ-инфекцией в тест-системе ДС-ИФА-ВИЧ-АТ/АГ-СПЕКТР ................ 141
5.3. Сравнение тест-систем ДС-ИФА-ВИЧ-АТ/АГ-СПЕКТР» и HIV-1 BED
Incidence EIA (Calypte, США) ............................................................................ 143
5.4. Проверка точности определения давности заражения ВИЧ на
дополнительном пуле образцов и сероконверсионных панелях .................... 145
4
ГЛАВА 6. МОДЕЛЬ ЭПИДЕМИЧЕСКОГО ПРОЦЕССА ВИЧ-ИНФЕКЦИИ
............................................................................................................................... 148
6.1. Мониторинг случаев ВИЧ-инфекции на ранней стадии заражения .... 148
6.2. Метод наименьших квадратов ................................................................. 157
6.3. Моделирование эпидемического процесса с использованием данных о
выявлении р24 антигена ВИЧ и теста на давность заражения ВИЧ-инфекцией
..................................................................................................................... 165
6.4. Прогнозирование эпидемического процесса ВИЧ-инфекции с
использованием только данных о выявлении р24 антигена ВИЧ .................. 175
ГЛАВА 7. ВЛИЯНИЕ ДИНАМИКИ ЧИСЛЕННОСТИ НАСЕЛЕНИЯ НА
ЗАБОЛЕВАЕМОСТЬ И ПОРАЖЕННОСТЬ ВИЧ-ИНФЕКЦИЕЙ ................ 182
7.1. Исследование популяций с отрицательным приростом населения. ....... 185
7.2. Исследование популяций с нулевым приростом населения ................... 187
7.3. Исследование популяций с положительным приростом населения ....... 189
ГЛАВА 8. УПРАВЛЕНИЕ ЭПИДЕМИЧЕСКИМ ПРОЦЕССОМ ВИЧ-
ИНФЕКЦИИ В СОВРЕМЕННЫХ УСЛОВИЯХ ............................................. 195
8.1. Оценка эффективности управленческих воздействий в популяциях с
различным приростом населения ...................................................................... 197
8.2. Уменьшение вероятности передачи ВИЧ при информировании пациента
о положительном ВИЧ-статусе .......................................................................... 213
8.2.1. Использование внутривенных инъекций наркотических средств 214
8.2.2. Изменение полового поведения ........................................................ 216
8.2.3. Отношение к алкоголю и табакокурению ....................................... 217
8.2.4. Клиническая картина ......................................................................... 219
8.3. Скрининг населения необходимый для контроля эпидемии ВИЧ-
инфекции .............................................................................................................. 221
8.3.1. Заболеваемость ВИЧ-инфекцией в модельном эксперименте .... 223
8.3.2. Динамика пораженности ВИЧ-инфекцией .................................... 224
8.3.3. Определение эффективного охвата населения скринингом на
территории Красноярского края ................................................................. 230
8.4. Оптимальное распределение ресурсов в системе управления
эпидемическим процессом ВИЧ-инфекции ..................................................... 237
5
8.4.1. Выбор параметров моделирования .................................................. 237
8.4.1.1. Вероятность передачи ВИЧ ........................................................ 238
8.4.1.2. Средняя стоимость компонентов системы противодействия
ВИЧ-инфекции .......................................................................................... 242
8.4.2. Эксперимент по оптимальному распределению средств ............... 244
8.4.2.1. Охват населения скринингом ..................................................... 244
8.4.2.2. Лечение ВИЧ-инфицированных лиц ......................................... 245
8.4.2.3. Профилактические мероприятия................................................ 247
8.4.2.4. Эффективность системы управления включающая скрининг
населения, лечение и профилактические мероприятия ........................ 248
8.4.2.5. Оптимальное распределение средств на территории
Красноярского края .................................................................................. 251
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ................................................................................................... 258
ВЫВОДЫ ............................................................................................................. 261
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ ............................................................. 264
ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕГО ИССЛЕДОВАНИЯ ТЕМЫ .................. 266
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ................................................................................. 267
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ................................................................................... 269
Приложение 1. Депонированные в GenBank нуклеотидные
последовательности генома РНК ВИЧ секвенированные с 2011-2016 годы 302
Приложение 2. Нуклеотидные последовательности генома РНК ВИЧ из базы
данных Los Alamos использованные в эволюционных исследованиях ........ 309
Приложение 3. Анкета для оценки эпидемиологического эффекта сообщения
диагноза ВИЧ-инфицированному пациенту .................................................... 310
