Введение
Глава 1. Разделение дальних и ближних взаимодействий в расчетах энергетических профилей ионов 11
1.1. Трансмембранные каналы: классификация и функции 11
1.2. Теоретические методы расчета энергетических профилей ионов и необходимость использования квантовохимического расчёта 13
1.2.1. Традиционные методы расчета энергетического профиля иона в поре канала и его роль в объяснении проницаемости каналов
1.2.2. Артефактность методов силовых полей в расчетах энергетических профилей ионов в поре канала и необходимость использования квантовохимических расчетов
1.3. Физическое обоснование разделения дальних и ближних взаимодействий в расчетах энергетических профилей ионов 36
1.3.1. Представление молекулы канала в системе координат с поворотной осью симметрии
1.3.2. Формальная схема метода
1.3.3. Физическое обоснование метода
Глава 2. Механизмы ионной и водной избирательности природных трансмембранных каналов 46
2.1. Потенциал-независимый калиевый канал KcsA 46
2.1.1. Структура и традиционное объяснение ионной избирательности канала
2.1.2. Энергетические профили ионов и калиевая избирательность канала
2.2. Потенциал-зависимый калиевый канал KvAP 54
2.2.1. Структура и традиционное объяснение ионной избирательности канала
2.2.2. Энергетические профили ионов и калиевая избирательность канала
2.3. Аквапорин АР] 60
2.3.1. Структура и традиционное объяснение водной избирательности порина
2.3.2. Энергетические профили молекул воды и водная избирательность порина
Глава 3. Механизмы ионной и водной избирательности зеркальных изомеров природных транс мембранных каналов 67
3.1. Модельный D-изомер потенциал-независимого калиевого канала Kcs А 67
3.1.1. Структура канала D-KcsА
3.1.2. Энергетические профили ионов и ионная избирательность канала D-KcsA
3.2. Модельный D-изомер потенциал-зависимого калиевого канала KvAP 71
3.2.1. Структура канала D-KvAP
3.2.2. Энергетические профили ионов и функционирование канала D-KvAP
3.3. Аквапорин АР) 75
3.3.1. Структура порина D-APi
3.3.2. Водная избирательность порина D-APt
Выводы 78
Заключение 80
Список использованной литературы 83
