Введение
1. Малые ядрышковые РНК 9
1.1. C/D-семейство мякРНК 10
1.2. Н/АСА-семейство мякРНК 13
1.3. Малые РНК из телец Кахаля 15
1.4. РЫКаза Р иРНКазаМЕІР: эндонуклеазы, содержащие РНК 18
1.4.1. РНКазаР IS
1.4.2. РНКаза MRP 21
1.5. Номенклатура мякРНК 21
1.6. Гены мякРНК 22
1.6.1. Гены мякРНК позвоночных 23
1.6.2. Гены мякРНК дрожжей 23
1.6.3. Гены мякРНК растений 24
1.6.4. Гены мякРНК простейших 26
1.6.5. Гены мякРНК дрозофилы 27
1.6.6. Гены мякРНК архебактерий 27
1.6.7. Заключение 27
1.7. Гены- хозяева мякРНК позвоночных 29
1.8. Транскрипция генов мякРНК 32
1.9. Созревание и транспорт мякРНК 32
1.10. Формирование РНП 34
1.10.1. Белки C/D мякРНП 34
1.10.2. Сборка C/D мякРНП 36
1.10.3. Белки Н/АСА мякРНП 38
1.10.4. Сборка Н/АСА мякРНП 39
1.10.5. Белки, участвующие в биогенезе C/D и Н/АСА мякРНП 40
1.11. Модификации рРНК и их роль 41
1.11.1, Виды модификаций РНК у разных таксонов 41
1.11.2. Локализация 2-0-метилированной рибозы и псевдоуридина в рРНК 42
1.11.3. Паттерны модификации отличаются у крупных систематических групп 44
1.11.4. Функции модификаций 45
2. Материалы и методы 53
2.1, Материалы, реактивы и приборы, использованные в работе 53
2.2. Работа с клетками Е. coli и выделение плазмидиой ДНК 54
2.3. Клеточные культуры 55
2.4, Фракционирование клеточного содержимого 55
2.4.1. Выделение фракций цитоплазмы, нуклеоплазмы и ядрышек 55
2.4.2. Выделение ядерной, цитоскелетной и свободной фракции 56
2.5. Анализ клеточных экстрактов на сахарозных градиентах 56
2.6, Выделение ДНК и РНК 56
2.6.1. Выделение ДНК 56
2.6.2. Выделение РНК 57
2.7. Клонирование полноразмерной копии Ш7-кДНК 57
2.8. Клонирование локуса, несущего ген U87 мякРНК 58
2.9. RACE-анализ U87HG РНК 58
2.10. Секвенирование ДНК 59
2.11. Идентификация -концов РНК методом удлинения праймера 59
2.12. Нозерн-блот анализ 59
2.13. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей 60
3. Результаты 62
3.1. TJ87 РНК-новая мякРНК C/D-семейства 62
3.1.1. Обнаружение и получение полноразмерной нуклеотидной последовательности U87 РНК 62
3.1.2. Анализ нуклеотидной последовательности U87 РНК 63
3.1.3. Определение внутриклеточной локализации U87 РНК 64
3.1.4. U87PHK кодируется уникальным геном 64
3.2. U87HG - некодирующий ген-хозяин U87 мякРНК 65
3.2.1. U87PHK кодируется интроном некодирующего белок гена 65
3.2.2. Ген U87HG принадлежит к 5ТОР семейству генов домашнего хозяйства 70
3.2.3. U87HGPHK локализована в цитоплазме и стабильна 73
3.2.4. U87HG РНК ассоциирована с рибосомами 75
3.2.5. Влияние ингибиторов трансляции на концентрацию U87HGPHK 77
3.2.6. Различный уровень ассоциации U87HG РНК и UHG РНК с рибосомами вносит вклад в их разную подверженность NMD 78
3.3. Круг распространения U87 мякРНК и ее гена-хозяина 80
3.3.1. U87PHK присутствует у позвоночных, но не у растений и дрожжей 80
3.3.2. Мишень U87 РНК расположена в консервативном участке рРНК 82
3.3.3. U87PHK не меняет гена-хозяина 84
3.3.4. Число экзонов в гене U87HG и число генов U87 РНК в его интронах может изменяться 85
3.3.5. Другие некодирующие гены- хозяева изменяются сходным образом 89
4. Обсуждение 96
4.1. C/D-мотив может формироваться в предшественнике U87 мякРНК 96
4.2. Количество и состав генов мякРНК в интронах некодирующих генов-хозяев меняется у разных систематических групп 97
4.3. Ген U87HG принадлежит к 5ТОР семейству генов домашнего хозяйства 98
4.4. Малая подверженностьШ7НО РНК деградации может быть связана не только с низкой интенсивностью трансляции 99
4.5. Нуклеотидная последовательность U87HGPHK более консервативна по сравнению с транскриптами других некодирующих генов-хозяев 102
4.5.1. Парные и множественные выравнивания U87HG, UHG и gas5 РНК 102
4.5.2. Парные выравнивания локусов генов UHG, gas5 и U87HG 103
4.5.3. Некодирующие интроны в гене U87HG 104
4.6. Степень консервативности U87HGPHK соответствует консервативности НТО 105
4.7. Функциональность некодирующих генов-хозяев: pro et contra 105
Выводы 108
