Введение
1. Обзор литературы 14
1.1. Общая характеристика микобактерий 14
1.2. Молекулярно-биологические методы, используемые в эпидемиологических исследованиях возбудителей туберкулеза 17
1.3. Анализ филогенетических взаимоотношений среди представителей комплекса микобактерий туберкулеза 24
1.4. Характеристика эпидемиологически значимой группы микобактерий W/Beijing 34
2. Материалы и методы 38
2.1. Штаммы микобактерий, используемые в исследовании 38
2.2. Выделение ДНК из культур микобактерий 38
2.3. Праймеры, используемые для ПЦР амплификации и секвенирования 40
2.4. Приготовление гибридизационных зондов 41
2.5. Реактивы для гибридизации по Саузерну 44
2.6. Методика RFLP гибридизации 45
2.7. Секвенирование фрагментов ДНК 48
2.8. Методика гибридизации с молекулярными бикэнами 49
3. Разработка методики быстрой идентификации w-beijing штаммов 50
3.1. Анализ результатов гибридизации клинических штаммов с W- Beijing зондом 51
3.1.1. dnaA-dnaN межгенный район хромосомы микобактерий 51
3.1.2. DR-область хромосомы М:tuberculosis 56
3.1.3. Хромосомный локус NTF, (регион В) 57
3.2. Интерпретация результатов гибридизации с многокомпонентным W-Beijing зондом 58
4. Анализ хромосомных делеции tbd1, rd6, pks15/1 клинических штаммов м. tuberculosis. 67
4.1. Гибридизация хромосомных ДНК с TbDl зондом 68
4.2. Гибридизация с RD6 зондом 73
4.3. Гибридизация с зондамиpks 15/1 74
5. Характеристика делеции, специфичных для представителей w-beijing группы 79
Заключение 86
