Введение
ГЛАВА 1. Метагеномика и ген 16S рРНК 9
1.1. Место метагеномики в научном знании 9
1.2. Ген 16S рРНК в метагеномике 11
ГЛАВА 2. Разнообразие почвенных микробиомов и способы его оценки 16
2.1. Почва как депозитарий микробного биоразнообразия 16
2.2. Альфа-разнообразие 17
2.3. Бета-разнообразие 21
ГЛАВА 3. Метагеномика почвенных микроорганизмов 24
3.1. Методические особенности почвенной метагеномики 24
3.2. Метагеномика и экология почвенных микроорганизмов 25
3.3. Профильный подход в почвенной метагеномике 34
ГЛАВА 4. Объекты и методы исследования 38
4.1. Объекты исследования 38
4.2. Методы исследований 4.2.1. Отбор образцов 54
4.2.2. Химические анализы 54
4.2.3. Приготовление препарата почвенной ДНК 54
4.2.4. Проведение количественной ПЦР 55
4.2.5. Секвенирование и обработка данных 56
ГЛАВА 5. Результаты и обсуждение 59
5.1. Характеристика первичных данных 59
5.2. Кислые профильно-дифференцированные почвы 59
5.3. Черноземы типичные разных систем землепользования 66
5.4. Коричневая карбонатная почва 78
5.5. Геохимически сопряженные почвы сухостепного почвенного комплекса
5.6. Общий анализ таксономического состава микробиомов 88
Заключение 91
Выводы 93
Список литературы 94
