Введение
Глава 1. Обзор литературы 11
1.1. Колоректальный рак. Современное состояние проблемы 11
1.1.1. Этиология и факторы риска колоректального рака 11
1.1.2. Молекулярный патогенез при колоректальном раке 13
1.2. Свободно-циркулирующие нуклеиновые кислоты 27
1.2.1. Биологические свойства свободно-циркулирующих нуклеиновых кислот 29
1.2.2. Диагностическая значимость определения концентрации сцДНК в плазме крови 32
1.2.3. Свободно-циркулирующая опухолевая ДНК 35
1.2.4. Методы детекции генетических изменений в сцДНК плазмы крови 40
Глава 2. Материалы и методы исследования 46
2.1. Общая характеристика обследованной группы 46
2.2. Объект исследования 47
2.3. Методы исследования 51
2.3.1. Выделение ДНК 51
2.3.2. Методы анализа мутационного статуса генов. 52
2.3.2.1. Метод мутационно-специфической ПЦР в режиме “реального времени” 52
2.3.2.2. Метод усиленной аллель-специфическая ПЦР в режиме “реального времени” 54
2.3.2.3. Метод секвенирования нового поколения (NGS) 55
2.3.2.4. Метод прямого секвенирования по Сэнгеру 56
2.3.3. Статистический анализ 57
Глава 3. Результаты и обсуждения молекулярно генетического исследования 58
3.1. Молекулярно-генетический профиль тканей опухоли 58
3.2. Анализ частоты и спектра мутаций в генах, участвующих в патогенезе колоректального рака, проведенный методом NGS в образцах опухолевой ткани 64
3.2.1. Комбинация мутаций в опухолевой ткани больных КРР 90
3.3. Молекулярно-генетический анализ свободно-циркулирующей опухолевой ДНК 94
3.3.1. Анализ сцДНК методом усиленной аллель-специфической ПЦР в режиме “реального времени” 95
3.3.2. Анализ сцДНК методом NGS 104
3.4. Возможности и ограничения использования сцДНК плазмы крови 109
Заключение 113
Выводы 120
Практические рекомендации 121
Список литературы 122
