Введение
Глава 1. Обзор литературы 8
1.1. Математические методы изучения символьных последовательностей 8
Сравнение символьных последовательностей методами динамического программирования. Алгоритмы, используемые программами Blast, Fasta, PSI-Blast 8
Применение методов динамического программирования для поиска периодичностей в символьных последовательностях 16
Методы преобразования Фурье, применяемые для изучения периодичности символьных последовательностей 20
Применение скрытых марковских моделей для поиска периодичностей символьных последовательностей 24
Колмогоровская сложность символьных последовательностей 27
Расширенное подобие символьных последовательностей 28
1.2. Принципы организации белковых последовательностей 30
Первичная и вторичная структуры белковых последовательностей.
Связь между первичной и вторичной структурой 31
Белковая глобула и алгоритмы для предсказания ее конформации 34
Вазы данных белковых последовательностей, мотивов и пространственных структур 39
1.3. Основы эволюции аминокислотных последовательностей 43
Глава 2. Постановка задачи 49
Глава 3. Математические методы и алгоритмы 53
3.1. Информационное разложение символьных последовательностей... 53
3.2. Циклическое выравнивание символьных последовательностей 58
Циклическое выравнивание 58
Профили и циклические профили 58
Циклическое профильное выравнивание 59
Поиск скрытой периодичности с помощью циклического профильного выравнивания 59
Теорема об основном свойстве циклического выравнивания 62
Оптимизированные алгоритмы для поиска циклического выравнивания. 63
3.3. Статистика выравниваний 67
3.4. Итеративное сканирование и разложение шума 71
Глава 4. Результаты 83
4.1. База данных аминокислотных последовательностей со скрытой периодичностью. Программный комплекс для итеративного профильного анализа 83
4.2. Скрытая периодичность ЫАО(+)-связывающих доменов 93
4.3. Скрытая периодичность активных центров протеинкиназ 102
4.4. Скрытая периодичность белков различного функционального назначения 109
Глава 5. Обсуждение результатов 123
5.1. Сравнение результатов, полученных примененными в настоящей работе методами, с результатами, полученными методами поиска по гомологии и преобразования Фурье 123
5.2. Связь скрытой периодичности с пространственной структурой белков 129
5.3. Возможное эволюционное значение периодического строения аминокислотных последовательностей. 133
Приложение.
Таблицы, не вошедшие в основной текст 135
Список использованных источников
