Введение
1 Литературный обзор 8
1.1 Общие сведения о ДНК 8
1.2 Эксперименты по переносу заряда в ДНК. Основные представления о механизмах переноса 10
1.3 Теоретические подходы к описанию переноса заряда в молекулярных цепочках 15
2 Квантово-механические модели переноса заряда в ДНК 20
2.1 Уотсон-криковские пары как осцилляторы 20
2.2 Обезразмеривание динамических уравнений 24
2.3 Параметры модели и начальные данные 27
2.4 Некоторые свойства модели с детерминированной классической подсистемой 30
2.5 Оценка подвижности заряда при конечной температуре 39
2.6 Различные модели переноса заряда в молекулярных цепочках 40
3 Результаты численного моделирования система без случайной силы (Д = 0) 47
3.1 Моделирование переноса дырки в GTTGGG-фрагменте ДНК 47
3.2 Динамика возбуждения в однородных цепочках 50
3.3 Моделирование переноса заряда в однородных полинуклеотидах с донором и акцептором 54
3.4 Перенос заряда в регулярных и нерегулярных нуклеотидных последовательностях с донором и акцептором 59
3.5 Квазисолитон система со случайной силой (Д ф 0) 64
3.6 Моделирование переноса в GTTGGG-фрагменте при температуре 37 С 64
3.7 Расчеты подвижности дырки в полинуклеотидах при заданной температуре 300К 68
3.8 Расчет подвижности в HSSH-модели ДНК при Т = 300 К 72
3.9 Зависимость подвижности от температуры 73
3.10 Подвижность в случае полярона малого радиуса 76
3.11 Температурный развал стоячей волны 79
3.12 Моделирование динамики переноса заряда в однородном полинуклео-тиде во внешнем электрическом поле 80
4 Вычислительные проблемы 84
4.1 Стандартные схемы 84
4.2 Особенности задачи при = 0 87
4.3 Замечания о численном интегрировании системы 90
4.4 Смешанная схема 93
4.5 Тестирование основного алгоритма 95
Заключение 105
Благодарности 106
Список Литературы
