Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 18
1.1. Появление антимикробной резистентности 19
1.2. Механизм действия -лактамных антибиотиков 21
1.3. Устойчивость к -лактамным антибиотикам, не связанная с продукцией -лактамаз
1.4. Классификация -лактамаз 24
1.5. Происхождение -лактамаз 30
1.6. Механизмы гидролиза -лактамазами 31
1.7. Основные общественно-значимые карбапенемазы
1.7.1. Карбапенемазы IMP-группы 34
1.7.2. Карбапенемазы VIM-группы 35
1.7.3. Карбапенемазы KPC-группы 37
1.7.4. Карбапенемазы OXA-48-группы 40
1.7.5. Карбапенемазы NDM-группы
1.8. Выявление инфекций, вызванных продуцентами карбапенемаз и 46 бессимптомного носительства
1.9. Глобальная эпидемиология карбапенемаз 49
ГЛАВА 2. Материалы и методы исследования 55
2.1. Фенотипические методы исследования 55
2.1.1. Выделение, хранение и идентификация изолятов 55
2.1.2. Определение чувствительности к антибактериальным изолятам 55
2.2. Генотипические методы исследования 56
2.2.1. Постановка ПЦР (выделение ДНК, амплификация, электрофорез) 56
2.2.2. Мультилокусное сиквенс-типирование
2.3. Полногеномное секвенирование 58
2.4. Выделение плазмидной ДНК, трансформация, конъюгация 59
2.5. Обработка результатов исследования 61
ГЛАВА 3. Результаты исследования 63
3.1. Оптимизация метода детекции карбапенемазной активности 63
грамотрицательных бактерий с помощью MALDIOF масс спектрометрии и методов детекции генов карбапенемаз
3.1.1. Оптимизация метода детекции карбапенемазной активности изолятов с помощью MALDIOF масс-спектрометрии
3.1.2. Оптимизация методов молекулярной детекции генов карбапенемаз
3.2. Анализ молекулярной эпидемиологии штаммов-продуцентов 71
карбапенемаз циркулирующих на территории Санкт-Петербурга
3.2.1. Анализ молекулярной эпидемиологии штаммов-продуцентов гена blaNDM-1
3.2.2. Анализ молекулярной эпидемиологии штаммов-продуцентов гена blaKPC
3.2.3. Анализ молекулярной эпидемиологии штаммов-продуцентов гена blaOXA-48
3.2.4. Анализ молекулярной эпидемиологии штаммов-продуцентов гена blaVIM-4
3.2.5. Анализ резистома типовых продуцентов карбапенемаз на основе данных полногеномного секвенирования
3.3. Оценка частоты носительства и разнообразия продуцентов карбапенемаз пациентами отделений хирургии Санкт-Петербурга
3.4. Детальный молекулярный анализ первого изолята-продуцента карбапенемазы blaKPC-2, выделенного в России
3.4.1. Исследование мобильного элемента несущего ген blaKPC-2 87
3.4.2. Эпидемиология и возможная эволюция мобильных элементов 93 включающих ТЕМ-КРС - комплекс
ГЛАВА 4. Обсуждение результатов исследования 96
4.1. Сравнение внедрённых в практику методов детекции карбапенемаз 96 с аналогами
4.2. Особенности эпидемиологии карбапенемаз в Санкт-Петербурге 98
4.3. Носительство карбапенемаз и его роль в их распространении 101
4.4. Новый вариант генетического окружения гена blaKPC-2 102
Заключение 104
Выводы 106
Практические рекомендации 107
Список сокращений 108
Благодарности 110
Список использованной литературы
