Введение
Глава 1. Общая характеристика аноксигенных нитчатых фототрофных бактерий (АНФБ) 11
1.1 Систематика и краткая характеристика представителей 11
1.2 Морфологические, физиологические и генетические свойства
1.2.1 Морфология и ультратонкое строение 27
1.2.2 Использование энергии света 30
1.2.3 Ассимиляция неорганического углерода 33
1.2.4 Метаболизм серы и азота 36
Глава 2. Филогенетическое и функциональное разнообразие АНФБ в гидротермальных источниках 38
2.1 Филогенетическое разнообразие 38
2.2 Функциональное разнообразие
2.2.1 Превращение углерода 42
2.2.2 Превращение серы 46
Глава 3. Филогеография прокариот 49
Материалы и методы 54
Глава 4. Материалы исследования 54
Глава 5. Микробиологические методы исследования 55
5.1 Состав питательной среды и условия культивирования 55
5.2 Изучение морфологии клеток 57
5.3 Определение пигментов клеток 57
5.4 Получение чистой культуры 58
5.5 Изучение физиологии штамма isl-2 58
5.6 Изучение хемотаксономических свойств штамма isl-2 59
Глава 6. Молекулярно-генетические методы исследования 60
6.1 Выделение ДНК 60
6.2 Амплификация фрагментов исследуемых генов 62
6.3 Детектирование продуктов ПЦР 64
6.4 Очистка ПЦР-фрагментов 64
6.5 Секвенирование ДНК 6.6 Клонирование ПЦР-фрагмента 65
6.7 Выделение плазмидной ДНК 65
6.8 Секвенирование геномной ДНК 66
6.9 Анализ полученных последовательностей 66
6.10 Географические, физические данные и корреляционный анализ 67
Результаты и обсуждение 68
Глава 7. Разнообразие термофильных АНФБ в гидротермах Байкальской рифтовой зоны (БРЗ) 68
7.1 Гены pufLM - генетические маркеры для АНФБ 69
7.2 АНФБ в цианобактериальных матах гидротерм БРЗ 71
Глава 8. Roseiflexus-содержащие фототрофные сообщества 77
8.1 Roseiflexus-содержащий мат источника Алла 78
8.2 Roseiflexus-содержащий мат источника Ценхер 89
Глава 9. Филогеография бактерий рода Roseiflexus 94
Глава 10. Новые бактерии рода Chloroflexus 103
10.1 Chloroflexus аggregans из источника Термофильный (Камчатка) 104 10.2 Chloroflexus islandicus – новая аноксигенная нитчатая фототрофная
бактерия из гейзера Строккур (Исландия) 106
10.2.1 Морфологическая характеристика 107
10.2.2 Пигменты клеток 109
10.2.3 Физиологические свойства 110
10.2.4 Хемотаксономические признаки. 114
10.2.5 Генетические свойства 114
10.2.6 Таксономическое описание Chloroflexus islandicus sp. nov. 118
10.3 Новые бактерии Chloroflexus spp. в контексте глобального
филогенетического разнообразия АНФБ 119
Заключение 121
Выводы 123
Сокращения и аббревиатуры 124
Список литературы 125
