Введение
Глава 1. Обзор литературы 16
1.1. Особенности организации генома птиц 16
1.2. Генетические и физические карты хромосом птиц 30
1.2.1. Генетические карты 30
1.2.2. Физические карты 42
1.2.3. Интеграция генетических и физических карт 51
1.3. Геномные библиотеки как инструмент интеграции молекулярного и цитогенетического уровней изучения генома 55
1.4. Гибридизация ДНК/ДНК in situ как метод прямого физического картирования хромосом 68
1.5. Отношения гомологии (ортологии и паралогии) нуклеотидных последовательностей и хромосомных районов 80
1.5.1. Паралогия 81
1.5.2. Ортология 86
1.6. Композиционная гетерогенность ДНК и функциональная специализация геномных фракций 90
Глава 2. Материал и методы 105
2.1. Материал 105
2.2. Полимера зная цепная реакция (ПЦР) 106
2.2.1. Подбор последовательностей ДНК и дизайн праймеров 106
2.2.2. Условия амплификации ДНК 108
Скринироваиие геномных библиотек 109
2.3.1. Олигонуклетидное мечение ДНК-зондов 109
2.3.2. Гибридизация меченых ДНК-зондов с геномными клонами 110
2.3.3. Верификация аутентичности клонов 110
Трансформация клеток Е. соН и выделение эписомной ДНК 111
2.4.1. Трансформация клеток Е. соН 111
2.4.2. Выделение эписомной ДНК макрометодом 112
2.4.3. Очистка эписомной ДНК 113
Секвенирование фрагментов ДНК 114
Приготовление препаратов митотических хромосом птиц 116
2.6.1. Приготовление препаратов митотических хромосом из 96 (72)-часовых эмбрионов 116
2.6.2. Приготовление препаратов митотических хромосом из культуры эмбриональных фибробластов 117
Флуоресцентная гибридизация ДНК-ДНК in situ (FISH) 119
2.7.1. Мечение ДНК-зондов при помощи ник-трансляции с использованием нерадиоактивных дезоксинуклеотидтр и фосфатов 119
2.7.2. Преципитация ДНК-зондов в присутствии конкурирующей ДНК и супрессия неспецифической гибридизации 121
2.7.3. Гибридизация меченых ДНК-зондов с ДНК митотических хромосом птиц 122
2.7.4. Детекция гибридизационных сигналов с использованием флуоресцентных красителей 124
2.7.5. Анализ результатов гибридизации 125
Глава 3. Результаты 127
3. 1. Скринирование гридированных геномных библиотек с использованием кодирующих последовательностей ДНК в качестве зондов 127
3.1.1. Скринирование космидной геномной библиотеки домашней курицы 127
3.1.2. Скринирование геномной ВАС-библиотеки джунглевой курицы 129
3. 2. Прямое физическое картирование маркеров первого типа на митотических хромосомах домашней курицы 135
3.2.1.Семейство генов циклинов 135
3.2.2. Семейство генов авидинов 139
3.2.3. Семейство генов аденозиновых рецепторов 141
3.2.4. Гены MC1R и ВВС1 141
3.2.5. Гены АРОА1 и ETS1 145
3.2.6. Гены ALB, ANX5, EDNRA, GDF8, MGF, MGP и TYR 145 3.3. Композиционное картирование митотических хромосом домашней курицы и японского перепела 155
Глава 4. Обсуждение 188
4.1. Оценка эффективности применения гридированных геномных библиотек для молекулярно-цитогенетического анализа генома птиц 188
4. 2. Клонирование и хромосомная локализация кластера генов семейства авидинов 193
4. 3. Эволюционный консерватизм районов хромосом домашней курицы и человека 199
4.3.1. Консерватизм теломерной локализации генов MC1R и В ВСІ 199
4.3.2. Колокализация генов АРОА1 и ETSlHa одной микрохромосоме 203
4.3.3. Ортология GGA Ip21-ql2 и HSA 12pl3-q23 206
4.3.4. Ортология GGA Iq23-q44 и HSA 1 Ipl5-q22 212
4.3.5. Ортология GGA 3q23-q210 и HSA 6pl2-q27 215
4.3.6. Ортология GGA 4qll-q24 и HSA 4pI6-q28 217
4.3.7. Ортология GGA 5qll-ql2 и HSA Ilpl3-q24 222
4. 4. Отношения паралогии нуклеотидных последовательностей внутри семейства генов аденозиновых рецепторов домашней курицы 225
4.5. Сравнительное композиционное картирование хромосом домашней курицы и японского перепела. Функциональная компартментализация генома птиц 228
Заключение 233
Выводы 236
Список литературы 238
