Введение
2 Обзор литературы 5
2.1 Строение рибосомы и рибосомного туннеля. Функционирование рибосомы. 5
2.1.1 Строение бактериальной рибосомы 5
2.1.2 Функционирование рибосомы . 11
2.1.3 Рибосомный туннель 22
2.1.4 Заключение 29
2.2 Метод молекулярной динамики 32
2.2.1 Основы метода 32
2.2.2 Избранные методы молекулярной динамики
2.2.2.1 Молекулярная динамика с обменом реплик 44
2.2.2.2 Метод зонтичной выборки 46
2.2.2.3 Метадинамика 50
2.2.2.4 Управляемая динамика 53
2.3 Исследование рибосомы методом молекулярной динамики 54
2.3.1 Моделирование рибосомы как молекулярной машины 55
2.3.1.1 Моделирование распознавания тРНК 55
2.3.1.2 Моделирование пептидилтрансферазного центра 58
2.3.1.3 Моделирование транслокации 59
2.3.1.4 Построение крупнозернистых моделей рибосомы
2.3.2 Физико-химическое изучение рибосомного туннеля 65
2.3.3 Моделирование рибосомных антибиотиков 67
2.3.4 Заключение 72
3 CLASS Результатыиихобсуждение CLASS 74
3.1 Изучение связывания тилозина 74
3.2 Изучение механизма передачи аллостерических сигналов в рибосомном туннеле 81
3.3 Изучение механизма устойчивости к антибиотикам, вызываемой C2,8-диметилированием A2503
3.3.1 Клиндамицин 96
3.3.2 Линезолид 97
3.3.3 Хлорамфеникол 99
3.3.4 Системы, не содержащие антибиотиков 101
3.3.5 Эритромицин 111
3.3.6 Заключение
3.4 Изучение связывания альдегидных производных эритромицина 114
3.5 Изучение связывания аминокислотных производных OMT 121
4 Методы 128
4.1 Моделируемая система 128
4.2 Условия моделирования 130
4.3 Методы анализа траекторий 132
5 Выводы 1
