Введение
Глава 1. Обзор литературы 11
1.1. Таксономический статус и происхождение байкальского омуля 11
1.1.1. Краткое описание таксономии и филогении сиговых рыб 11
1.1.2. Таксономический статус и происхождение байкальского омуля 14
1.2. Внутривидовая структура байкальского омуля 18
1.3. Выбор маркера для эволюционных исследований 20
1.4. Методы построения филогенетических схем 27
1.4.1. Методы генетических расстояний 27
1.4.2. Метод максимальной экономии 31
1.4.3. Бутстреп анализ 31
1.5. Краткая геолого-климатическая история оз. Байкал 32
Глава 2. Материалы и методы 34
2.1. Сбор образцов тканей сиговых рыб 34
2.2. Выделение ДНК 35
2.2.1. Выделение суммарной ДНК 35
2.2.2. Выделение мтДНК из икры рыб 35
2.3. Электрофорез ДНК в агарозных гелях 37
2.4. Рестрикционный анализ мтДНК 37
2.5. ПЦР-амплификация 37
2.6. Прямое определение нуклеотидной последовательности амплифицированных фрагментов ДНК 39
2.6.1. Определение нуклеотидной последовательности с помощью радиоактивных изотопов 39
2.6.2. Определение нуклеотидной последовательности на автоматическом секвенаторе 40
2.7. Обработка данных рестрикционного анализа мтДНК 40
2.8. Компьютерный анализ последовательностей фрагментов ДНК 41
2.8.1. Выравнивание и первичный анализ последовательностей 41
2.8.2. Построение филогенетических схем 41
Глава 3. Результаты 42
3.1. Рестрикционный анализ мтДНК байкальского омуля 42
3.2. Молекулярная филогения байкальских сиговых, основанная на нуклеотидных последовательностях фрагментов генома 49
3.2.1. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей 50
3.2.1.1. СябмтДНК 50
3.2.1.2. Область контроля репликации мтДНК 50
3.2.1.3. ITS1 рибосомной ДНК ядерного генома 52
3.2.2. Построение и анализ филогенетических схем 55
Глава 4. Обсуждение 62
4.1. Популяционная структура байкальского омуля 62
4.2. Таксономический статус байкальского омуля 63
4.3. Происхождение байкальского омуля и его "байкальский" возраст 65
4.4. Филогенетические взаимоотношения между сиговыми бассейна Байкала 68
Заключение 70
Выводы 72
Список цитируемой литературы 73
