Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 11
1.1. Особенности биологии и экологии боррелий 11
1.1.1. Систематическое положение. Видовое разнообразие 11
1.1.2. Морфология, особенности биологии 11
1.1.3. Организация генома 15
1.1.4. Экологические особенности
1.2. Боррелии как возбудители иксодового клещевого боррелиоза 19
1.3. Географическое распространение B. burgdorferi s.l. 21
1.4. Методы установления видовой принадлежности B. burgdorferi s.l. 22
1.5. Изучение внутривидового разнообразия B. burgdorferi s.l.
1.5.1. Анализ последовательностей межгенных спейсеров 28
1.5.2. Анализ последовательностей генов поверхностных белков 29
1.5.3. Мультилокусное сиквенс-типирование на основе секвенирования
генов домашнего хозяйства 30
1.5.4. Мультилокусный спейсер-анализ 34
1.6. Изучение боррелий и их распространение на территории России 35
1.7. Особенности филогеографии и экологии B. miyamotoi 37
ГЛАВА 2. Материалы и методы исследования 42
2.1. Материалы исследования 42
2.2. Методы исследования
2.2.1. Выделение нуклеиновых кислот 44
2.2.2. Определение наличия ДНК боррелий в образцах 44
2.2.3. Определение видовой принадлежности боррелий 45
2.2.4. Определение видовой принадлежности клещей 47
2.2.5. Мультилокусное сиквенс-типирование боррелий комплекса В.
burgdorferi s.l 48
2.2.6. Секвенирование фрагментов кодирующих генов и 16S-23S IGS В.
miyamotoi 49
2.2.7. Мультилокусный спейсер-анализ В. miyamotoi 50
2.2.8. Филогенетический анализ 50
2.2.9. Статистическая обработка результатов 50
ГЛАВА 3. Анализ видового разнообразия и частот встречаемости видов боррелий в природных очагах разных регионов России 52
3.1. Частота встречаемости боррелий в клещах 52
3.2. Видовой состав и соотношение видов боррелий 54
3.3. Соотношение видов боррелий в зоне симпатрии клещей I. persulcatus и I. pavlovskyi 60
ГЛАВА 4. Молекулярно-генетическая характеристика популяций B. Burgdoreferi S.L. на основе МЛСТ 62
4.1. Сравнение результатов МЛСТ и анализа 5S-23S рРНК межгенного
спейсера 62
4.2. Филогеографическая структура B. afzelii 68
4.3. Филогеографическая структура B. bavariensis 71
4.4. Филогеографическая структура B. garinii 73
4.5. Особенности и ограничения метода МЛСТ 75
ГЛАВА 5. Молекулярно-генетическая характеристика популяций в. miyamotoi 77
5.1. Анализ последовательностей фрагментов кодирующих генов и 16S-23S
IGS В. miyamotoi 77
5.2. Разработка методики мультилокусного спейсер-анализа (МЛСА) 83
5.3. Применение методики МЛСА для анализа популяций B. miyamotoi 83
Заключение 92
Выводы 94
Список использованных сокращений 95
