Введение
Глава 1 Обзор литературы
1.1 Организация генома возбудителя чумы и разнообразие штаммов Yersinia pestis 14
1.2 Молекулярное типирование штаммов Y. pestis. Полимеразная цепная реакция с учетом результатов в режиме реального времени (ПЦР-РВ) и ее использование для молекулярно-генетического анализа возбудителя чумы 23
Собственные исследования 31
Глава 2 Обьекты, материалы и методы 31
2.1 Объекты исследования 31
2.1.1 Штаммы Y. pestis 31
2.1.2 Питательные среды 42
2.2 Анализ биохимических свойств штаммов 42
2.3 Выделение ДНК 43
2.4 Постановка полимеразной цепной реакции 44
2.5 Проведение ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов 44
2.6 Секвенирование ДНК 44
2.7 Использованные компьютерные программы 45
2.8 Статистическая обработка результатов 45
Глава 3 Разработка способа определения биоварной принадлежности штаммов Y. pestis методом пцр с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов 46
3.1 Выбор ДНК мишеней для определения биоваров штаммов Y. pestis основного подвида методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов 46
3. 2 Разделение в ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов типичных и атипичных штаммов средневекового биовара. Определение полной нуклеотидной последовательности криптической плазмиды pCKF 51
Глава 4 Разработка способа определения принадлежности штаммов y.pestis к основным филогенетическим линиям в пцр с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов 61
4.1 Дифференциация в ПЦР штаммов античного биовара филогенетических линий O.ANT, 1.ANT и 2.ANT 61
4.2 Детекция в ПЦР штаммов Y. pestis античного биовара линии 4.ANT. Определение полной нуклеотидной последовательности криптической плазмиды рТРЗЗ 64
4.3 Разработка способа детекции штаммов Y. pestis античного биовара филогенетической линии 3.ANT 73
Глава 5 Определение филогенетической принадлежности штаммов возбудителя чумы из природных очагов россии и некоторых сопредельных стран 76
5.1 Филогенетическая принадлежность штаммов Y. pestis основного подвида из природных очагов чумы в России 76
5.2 Филогенетический анализ штаммов Y. pestis основного подвида, выделенных в Горно-Алтайском высокогорном очаге в 2012 и 2014 гг . 80
5.3 Анализ штаммов основного подвида из очагов чумы в Монголии 81
5.4 Филогенетическая принадлежность штаммов Y. pestis основного подвида из высокогорных очагов в Киргизии 85
Заключение 90
Выводы 106
Перечень сокращений и условных обозначений 107
Список литературы
