Введение
Глава 1. Обзор литературы 11
1.1: Этиология и патофизиология рака предстательной железы 11
1.2. Прогностические факторы рака предстательной железы 14
1.3. Молекулярно-генетические изменения при раке предстательной железы ... 17
1.3.1. Хромосомные перестройки 19
1.3.2. Потеря гетерозиготности и микросателлитная нестабильность 24
1.3.3. Аномальное метилирование 27
1.3.4. Обнаружение опухольспецифичной ДНК в биологических жидкостях.. 32
1.4. Опухолевое микроокружение 35
Глава 2. Материалы и методы 44
2.1. Клинический материал 44
2.2. Забор крови, операционного и биопсийного материала 44
2.3. Лазерная микродиссекция 44
2.4. Выделение геномной ДНК 45
2.5. Выделение РНК 46
2.6. Синтез кДНК 46
2.7. Полимеразно-цепная реакция для определения химерных генов 47
2. 8. Рестрикционный анализ 47
2. 9. Метил-чувствительная ПЦР (МЧ-ПЦР) 48
2. 10. Обработка ДНК бисульфитом натрия 49
2.11. Секвенирование 51
2.12. Микросателлитный анализ 52
2. 13. Электрофорез в ПААГ 53
2. 14. Ультратонкое окрашивание нитратом серебра 53
2.15. Программное обеспечение 54
2.16. Статистическая обработка данных 54
Глава 3. Результаты и обсуждение 55
3.1. Анализ хромосомных перестроек TMPRSS2/ERG4, TMPRSS2/ETV1 и TMPRSS2/ETV1 55
3.1.1. Анализ хромосомных перестроек в образцах ДГПЖ 55
3.1.2. Анализ хромосомных перестроек в образцах РПЖ 55
3.1.3. Клинические ассоциации перестройки TMPRSS2/ERG4 57
3.2.Анализ потери гетерозиготности и микросателлитной нестабильности...59
3.2.1. Анализ ПГ/МН в биоптатах РПЖ 60
3.2.2. Анализ ПГ/МН в микродиссекционных образцах РПЖ 61
3.2.3. Анализ ПГ/МН в микродиссекционных образцах ПИН 63
3.2.4. Ассоциации частот ПГ/МН с клиническими параметрами 64
3.3. Анализ аномального метилирования 64
3.3.1. Метилирование генов в микродиссекционных образцах 65
3.3.2. Метилирование генов в биопсийных и послеоперационных образцах. 68
3.3.3. Ассоциации частот метилирования исследуемых генов в
образцах биоптатов с клиническими параметрами 72
3.4. Анализ аномального метилирования в плазме крови пациентов с РПЖ...72
3.5. Анализ частоты генетических и эпигенетических нарушений в строме РПЖ 73
Заключение 80
Выводы 83
Список литературы 85
