Введение
Глава 1 Обзор литературы 26
1.1 Эпидемиология метициллинрезистентных S. aureus 26
1.1.1 Общие сведения об MRSA 26
1.1.2 Эпидемиология MRSA. Распространение основных клонов и линий в мире 28
1.1.3 Эпидемиология HA-MRSA 31
1.1.4 Эпидемиология СA-MRSA 39
1.1.5 Эпидемиология LA-MRSA 44
1.2 Вирулентность S. aureus 45
1.3 Резистентность MRSA к антимикробным химиопрепаратам 53
1.4 Особенности структуры генома штаммов MRSA 57
1.4.1 Структура стафилококковой хромосомной кассеты SCCmec 58
1.4.2 Структура островов патогенности и геномных островов 65
1.4.3 Структура плазмид 67
1.4.4 Структура IS-последовательностей, транспозонов (Tn) 69
1.4.5 Структура бактериофагов 71
1.5 Определение принадлежности MRSA 73
1.6 Генетические методы типирования MRSA, полногеномное секвенирование 75
Основная часть 84
Глава 2 Материалы и методы 84
2.1 Материалы 84
2.1.1 Штаммы микроорганизмов 84
2.1.2 Образцы клинического материала. Клинический материал, полученный при обследовании здоровых бактерионосителей и больных с разными нозологиями 87
2.2 Методы 96
2.2.1 Микробиологические методы исследования 96
2.2.1.1 Посев клинического материала, идентификация микроорганизмов 96
2.2.1.2 Выявление чувствительности к антимикробным химиопрепаратам 98
2.2.2 Молекулярно-биологические и серологические методы 100
2.2.2.1 Выделение нуклеиновых кислот 100
2.2.2.2 Праймеры 101
2.2.2.3 Метод ПЦР для выявления фрагментов генов nuc и mecA 101
2.2.2.4 Генотипирование штаммов MRSA. Гель-электрофорез в пульсирующем поле (PFGE) 102
2.2.2.5 Молекулярное МЛСТ типирование штаммов MRSA 104
2.2.2.6 Spa типирование 106
2.2.2.7 Типирование agr регуляторного гена 107
2.2.2.8 Коагулазотипирование (Coa) 108
2.2.2.9 Типирование стафилококковой хромосомной кассеты (SCCmec) 108
2.2.2.10 Определение генов вирулентности у штаммов MRSA 110
2.2.2.11 Определение уровня продукции токсинов TSST-1 и SEA у штаммов MRSA 114
2.2.2.12 Определение механизмов резистентности к антимикробным препаратам у штаммов MRSA 115
2.2.2.13 Определение плазмидного профиля у штаммов MRSA 117
2.2.2.14 Трансконъюгация штаммов MRSA 117
2.2.2.15 Анализ экспрессии мРНК у штаммов MRSA 118
2.2.2.16 Геномный анализ 119
2.2.2.17 Разработка ПЦР для детекции основных клональных линий MRSA 120
2.2.3 Биоинформационные и статистические методы исследования 121
Результаты собственных исследований 122
Глава 3 Выявление частоты встречаемости S. aureus, включая MRSA среди здоровых жителей г. Красноярска, Красноярского края и больных с разными нозологиями, и роль MRSA в развитии заболеваний разного генеза 122
3.1 Выявление частоты колонизации S. aureus, включая MRSA среди групп населения, не имеющих риска колонизации госпитальными штаммами 122
3.1.1 Выявление частоты колонизации S. aureus, включая MRSA среди детей дома ребенка, школьников 122
3.1.2 Выявление частоты колонизации S. aureus, включая MRSA среди спортсменов, студентов 127
3.1.3 Выявление частоты колонизации S. aureus, включая MRSA среди медицинских работников 132
3.2 Выявление роли MRSA в развитии заболеваний разного генеза 141
3.2.1. Выявление роли MRSA в развитии первичных неосложненных ИКМТ: фурункула, карбункула, неосложненного абсцесса, флегмоны 141
3.2.2 Выявление роли метициллинрезистентных Staphylococcus aureus и их молекулярно-генетических особенностей в развитии гнойно-некротических форм синдрома
диабетической стопы 150
3.2.3 Выявление роли MRSA в развитии вторичных осложненных ИКМТ – инфицированных ожоговых ран 162
3.2.4 Выявление роли MRSA в развитии посттравматического остеомиелита 172
3.2.5 Выявление роли MRSA в развитии внебольничной пневмонии 179
3.2.6 Выявление роли MRSA в развитии госпитальной пневмонии 189
3.2.7 Выявление роли MRSA в развитии синдрома системного воспалительного ответа 197
3.2.8 Выявление роли MRSA в развитии гнойно-воспалительных заболеваний у онкологических больных 200
3.2.9 Выявление роли MRSA в развитии гнойно-воспалительных заболеваний у ВИЧ-инфицированных 211
Глава 4 Молекулярно-генетическая характеристика и механизмы резистентности штаммов MRSA, выделенных в г. Красноярске, Красноярском крае 232
4.1 Молекулярно-генетическая характеристика штаммов MRSA, выделенных в г. Красноярске, Красноярском крае 232
4.2 Уровень продукции токсина синдрома токсического шока и энтеротоксина SEA. Уровень экспрессии мРНК генов цитолитических пептидов и регуляторных генов у штаммов MRSA 239
4.3 Механизмы резистентности к антимикробным препаратам, плазмидный профиль у штаммов MRSA, изолированных в г. Красноярске 244
4.4 Перенос плазмид лекарственной устойчивости у штаммов MRSA, изолированных в г. Красноярске 249
Глава 5 Структура генома штаммов представителей основных клонов MRSA, распространенных в г. Красноярске, Красноярском крае 255
5.1 Структура генома штамма представителя варианта ST239Kras 255
5.1.1 Результаты полногеномного анализа штамма OC3 ST239Kras, выделенного в г. Красноярске 255
5.1.2 Структура SCCmecIII.1.1.2 штамма MRSA OC3 ST239Kras 259
5.1.3 Структура профага Sa7- like W в составе генома штамма OC3 ST239Kras 264
5.1.4 Структура острова патогенности SaPI2R, имеющего ген tst у штамма OC3 ST239Kras 266
5.1.5 Структура SaPI1, имеющего гены sek, seq штамма OC3 ST239Kras 269
5.1.6 Структура SaPI, несущего ген fhuD штамма OC3 ST239Kras.. 269
5.1.7 Структура Sa3 штамма OC3 ST239Kras, несущего гены ускользания от иммунного надзора 271
5.1.8 Структура бактериофага Sa5 штамма OC3 ST239Kras 273
5.1.9 Другие генетические структуры 273
5.2. Структура генома штамма MRSA OC8 представителя варианта ST8Kras 274
5.2.1 Результаты полногеномного анализа штамма MRSA OC8 ST8Kras 274
5.2.2 Положение нескольких копий IS256 в геноме штамма OC8 283
5.2.3 Геномные инверсии и делеции, связанные с IS256 286
5.2.4 Детекция и определение положения MbIN у штамма ОС8 290
5.2.5 Выявление протяженной инверсии MbIN, особенностей элементов IS256 среди штаммов одной из распространенных в России линий ST239 HA-MRSA 293
Глава 6 Сопоставление генетических вариантов MRSA и их эволюции, распространенных в г. Красноярске, Красноярском крае с MRSA, распространенными в других регионах России и за рубежом 301
6.1 Сравнение штаммов MRSA ST239Kras и штаммов ST239 из других регионов России 301
6.2 Молекулярные характеристики ST8 MRSA в России 304
Глава 7 Разработка вариантов ПЦР для детекции линий ST239 и ST8, распространенных в России 315
7.1 Разработка М-ПЦР для определения штаммов MRSA линии ST239, распространенных в России 315
7.2 Разработка ПЦР для определения штаммов MRSA линии ST8, распространенных в России 321
Заключение 324
Выводы 328
Практические рекомендации 331
Перспективы дальнейшей разработки темы 332
Список сокращений и условных обозначений 333
Список литературы 337
