Введение
ГЛАВА 1 Молекулярно-генетические методы в системе эпидемиологического надзора за инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи (обзор литературы) 22
1.1 Молекулярная эпидемиология возбудителей ИСМП 22
1.2 Генетическая гетерогенность госпитальных популяций актуальных возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи и значение горизонтального генетического обмена в формировании госпитальных штаммов 25
1.3 Острова патогенности и их роль в формировании эпидемических свойств у возбудителей инфекционных заболеваний 29
1.4 Роль интегронов и связанных с ними кассет генов в формировании эпидемических свойств у возбудителей инфекционных заболеваний 32
1.5 Применение методов молекулярно-генетического типирования в структуре эпидемиологического надзора за инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи 34
ГЛАВА 2 Материалы и методы 39
Глава 3 Обоснование необходимости использования методов молекулярно-генетического типирования при проведении эпидемиологического наблюдения за ИСМП 118
3.1 Staphylococcus aureus и Acinetobacter baumannii как актуальные возбудители ИСМП в условиях современного мегаполиса 119
3.2 Востребованность методов молекулярно-генетического типирования в рутинной практике эпидемиологического наблюдения за ИСМП в стационарах 125
3.3 Оценка диагностических возможностей молекулярно-генетических методов внутривидового типирования при расследовании вспышек и в процессе эпидемиологического наблюдения за случаями ИСМП 130
3.3.1 Использование RAPD-генотипирования в рамках эпидемио логического наблюдения за ацинетобактерной инфекцией в
стационарах 131
3.3.2 Проспективное наблюдение за клональной структурой MRSA в крупных специализированных стационарах Санкт Петербурга 138
3.3.3 Изучение клональной структуры госпитальных популяций A. baumannii в ходе многоцентрового исследования 149
3.4 Оценка возможности распространения отдельных штаммов S. aureus и A. baumannii между отделениями медицинских организаций и между медицинскими организациями 158
3.5 Генетическая гетерогенность госпитальных популяций возбудителей ИСМП 163
ГЛАВА 4 Эпидемические клоны acinetobacter baumannii и staphylococcus aureus: распространенность и эпидемиологическое значение 191
4.1 Результаты молекулярно-генетического типирования госпитальных и негоспитальных штаммов Staphylococcus aureus 191
4.2 Результаты молекулярно-генетического типирования госпитальных штаммов Acinetobacter baumannii 198
ГЛАВА 5 Роль рекомбинационной и мутационной изменчивости в эволюции эпидемических генотипов A. Baumannii и S. Aureus 204
5.1 Эпидемиологическое значение некоторых мобильных и
мобилизуемых генетических элементов 205
5.1.1 Оперон pgaABCD-полиморфизм и возможность горизонтального
генетического переноса от других микроорганизмов 205
5.1.2 Интегроны I класса 209
5.2 Мутационная изменчивость S. aureus и потенциальная роль мутаторного фенотипа в адаптации стафилококков к факторам госпитальной среды 231
Глава 6 Полногеномное секвенирование как инструментэпидемиологического наблюдения за возбудителями ИСМП 236
6.1 Полногеномное секвенирование штамма A. baumannii 60 Perm 237
6.2 Мозаичный характер генома штамма Acinetobacter baumannii как иллюстрация глобализации распространения мобильных генетических элементов 246
6.3 Значение методов полногеномного секвенирования в структуре эпидемиологического надзора за возбудителями инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи 249
ГЛАВА 7 Концепция молекулярно-генетического мониторинга в системе эпидемиологического надзора за ИСМП 274
Заключение 280
Выводы 286
Практические рекомендации 289
Перспективы дальнейшей разработки темы исследования 290
Список сокращений 291
Список литературы
