Актуальность темы исследования............................................................................ 5
Цель исследования .................................................................................................... 7
Задачи исследования................................................................................................. 7
Научная новизна........................................................................................................ 8
Теоретическая и практическая значимость ............................................................. 9
Положения, выносимые на защиту .......................................................................... 9
Методология исследования .................................................................................... 10
Соответствие диссертации паспортам научных специальностей ........................ 11
Степень достоверности и апробация результатов исследования ......................... 11
Личный вклад автора .............................................................................................. 12
Реализация результатов работы ............................................................................. 13
Публикации результатов исследования ................................................................. 13
Объем и структура диссертации ............................................................................ 14
Глава 1. Характеристика вируса иммунодефицита человека (обзор литературы). 15
1.1. Эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции .................................. 15
1.2. Молекулярно-биологическая характеристика ВИЧ-1.................................... 16
1.2.1 Организация генома и строение вириона ВИЧ-1 ...................................... 16
1.2.2 Жизненный цикл ВИЧ ................................................................................ 20
1.2.3 Генетическое разнообразие ВИЧ ............................................................... 23
1.3. Методы лечения ВИЧ-инфекции..................................................................... 26
1.3.1 Применяемые схемы АРТ в России ........................................................... 29
1.3.2 Применяемые схемы АРТ в Гвинейской Республике ............................... 30
1.4 Диагностика лекарственной устойчивости ВИЧ............................................. 30
1.5 Лекарственная устойчивость ВИЧ в мире ....................................................... 34
1.6 Распространенность и структура лекарственной устойчивости ВИЧ на
территории РФ и сопредельных государств .......................................................... 38
1.7 Встречаемость вариантов ВИЧ, обладающих ЛУ, на территории Гвинейской
Республики. ............................................................................................................. 40
3
Глава 2. Материалы и методы ................................................................................... 43
2.1 Материалы исследования ................................................................................. 43
2.2 Методы исследования ....................................................................................... 44
2.2.1 Транспортировка и хранение образцов...................................................... 44
2.2.2 Молекулярно-биологические методы........................................................ 44
2.2.3 Биоинформатические методы..................................................................... 45
2.2.4 Принципы формирования базы данных..................................................... 49
2.2.5 Статистические методы .............................................................................. 49
Глава 3. Молекулярно-генетический анализ ВИЧ-1 у пациентов с
вирусологической неэффективностью АРТ в СЗФО ............................................... 50
3.1 Описание обследованной популяции............................................................... 50
3.2 Разнообразие схем АРТ у пациентов с вирусологической неэффективностью
лечения в СЗФО ...................................................................................................... 51
3.3 Генетическое разнообразие и встречаемость мутаций ЛУ в СЗФО............... 52
3.4 Встречаемость ЛУ ВИЧ у пациентов с разным уровнем приверженности к
терапии .................................................................................................................... 59
3.5 Встречаемость МЛУ у пациентов с неэффективностью 1 линии АРТ .......... 60
3.6 Встречаемость МЛУ в регионах СЗФО с различной пораженностью ВИЧинфекцией................................................................................................................ 62
3.6.1 Ленинградская область .................................................................................. 62
3.6.2 Архангельская область................................................................................... 64
3.6.3 Калининградская область .............................................................................. 68
Глава 4. Сравнительный анализ первичной лекарственной устойчивости ВИЧ-1
разных субтипов......................................................................................................... 76
4.1 Анализ распространенности фармакорезистентности ВИЧ у пациентов с
впервые выявленной ВИЧ-инфекцией из СЗФО................................................... 76
4.2. Сравнительный анализ распространенности мутаций ЛУ ВИЧ-1 среди
пациентов с впервые выявленной ВИЧ-инфекцией из Гвинейской Республики 79
Глава 5. Разработка базы для хранения и обработки данных мониторинга
распространенности лекарственной устойчивости ВИЧ-1...................................... 82
4
Глава 6. Обсуждение.................................................................................................. 89
6.1 Молекулярно-генетическое разнообразие ВИЧ-1 у пациентов с
неэффективностью АРТ из СЗФО.......................................................................... 89
6.1.1 Молекулярно-генетическая характеристика изолятов ВИЧ-1 у пациентов
с неэффективностью АРТ из Ленинградской области....................................... 93
6.1.2 Молекулярно-генетическая характеристика ВИЧ-1 у пациентов с
неэффективностью АРТ из Архангельской области.......................................... 94
6.1.3 Молекулярно-генетическая характеристика ВИЧ-1 у пациентов с
неэффективностью АРТ из Калининградской области ..................................... 97
6.2 Корреляция между приверженностью пациентов к АРТ и формированием
устойчивых вариантов вируса ................................................................................ 99
6.3 Особенности формирования лекарственной устойчивости ВИЧ-1 у
пациентов с неэффективностью первой линии АРТ........................................... 101
6.4 Распространенность и молекулярно-генетические особенности устойчивых
вариантов вируса среди пациентов без опыта АРТ ............................................ 103
6.5 Молекулярно-генетические особенности ВИЧ-1 нетипичных для СЗФО
субтипов на примере Гвинейской Республики.................................................... 104
6.6 Применение разработанной базы данных в лабораторной практике ........... 107
Заключение............................................................................................................... 108
Выводы ..................................................................................................................... 111
Практические рекомендации ................................................................................... 113
Перспективы дальнейшей разработки темы исследования ................................... 114
Список используемых сокращений......................................................................... 115
Список литературы .................................................................................................. 117
