Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 26
1.1 Нормальная микрофлора ротовой полости детей 26
1.2 Биоплёнки 28
1.2.1 Организация биоплёнок 28
1.2.2 Жизненный цикл биоплёнки 33
1.2.3 Роль внеклеточной ДНК в формировании биоплёнки 34
1.2.4 Роль некодирующих РНК в формировании биоплёнки 35
1.2.5 Механизмы коммуникации микроорганизмов в биоплёнках. Кворум сенсинг 36
1.2.5.1 Основные бактериальные молекулы, участвующие в межклеточной коммуникации 38
1.3 Некультивируемые бактерии в составе микрофлоры ротовой полости 41
1.3.1 Основные причины «некультивированное» 45
1.3.2 Основные подходы к изолированию пока некультивированных микроорганизмов 46
1.4 Влияние полихимиотерапии, на микробиоту детей с онкогематологическими заболеваниями 47
1.5 Систематизация информации в биологии. Базы данных 49
ГЛАВА 2. Оценка состава микрофлоры полости рта здоровых детей и детей с онкогематологичекими заболеваниями в стадии ремиссии 52
2.1 Микроскопия 53
2.2 Культивирование 55
2.3 Общий спектр микроорганизмов, идентифицированных в слюне здоровых детей и детей с онкогематологическими заболеваниями в стадии ремиссии 58
2.4 Определение чувствительности идентифицированных микроорганизмов к антибиотикам и антисептикам 64
ГЛАВА 3. Выявление и генетическая идентификация ранее неизвестной бактерии 69
3.1 Результаты предварительной генетической идентификации 69
3.2 Выделение чистой культуры и изучение свойств неизвестной ранее бактерии 76
3.3 Идентификация штамма VT 162 с использованием систем Vitek 2 и Braker Biotyper 80
3.4 Определение чувствительности бактерий штамма VT 162 к антибиотикам.. 86
3.5 Секвенирование и аннотация генома Streptococcus sp. VT 162 87
3.6 Характеристика генома VT 162 90
3.7 Виртуальная ДНК-ДНК гибридизация и усреднённая идентичность нуклеоти дов 94
ГЛАВА 4. Создание базы данных результатов исследований 101
Заключение 106
Выводы 107
Практические рекомендации 109
Перспективы направления дальнейшей разработки темы 109
Список сокращений по
Список литературы
