Введение
1. ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ КОМПЛЕКСОВ МЕДИ С НУКЛЕИНОВЫМИ КИСЛОТАМИ (Обзор литературы)
1.1. Взаимодействие ионов меди с нуклеиновыми и кислотами
1.1.1. Связывание ионов меди с нуклеиновыми кислотами 11
1.1.2. Механизм реакции Фентона 12
1.1.3. Взаимодействие активных форм кислорода с нуклеиновыми кислотами
21
1.1.4. Реакция Фентона in vivo 21
1.1.4.1. Мутации в ДНК, возникающие под действием кислородных радикалов 24
1.1.4.2. Воспаление и окислительный стресс
1.2. РАСЩЕПЛЕНИЕ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ КОМПЛЕКСАМИ МЕДИ И МЕДЬ-ЗАВИСИМЫМИ СИСТЕМАМИ 26
1.2.1. Комплексы меди, осуществляющие окислительную деструкцию нуклеиновых кислот 26
1.2.1.1. Комплексы меди и медь-зависимые системы, осуществляющие окислительную деструкцию нуклеиновых кислот в присутствии тиолов
1.2.1.2. Окислительная деструкция нуклеиновых кислот комплексами меди, действующими без активации экзогенными окислителями или восстановителями
1.2.2. Комплексы меди, осуществляющие гидролитическую деструкцию нуклеиновых кислот
1.3. САЙТ-НАПРАВЛЕННОЕ РАСЩЕПЛЕНИЕ НУКЛЕИНОВЫХ 57
КИСЛОТ КОНЪЮГАТАМИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ С
КОМПЛЕКСАМИ МЕДИ
1.3.1. Расщепление ДНК и РНК конъюгатами олигонуклеотидов с 58 комплексами меди в двуцепочечном комплексе
1.3.2. Расщепление ДНК и РНК конъюгатами олигонуклеотидов с 62 комплексами меди в триплексе
1.4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ 63
2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ 64
2.1. МАТЕРИАЛЫ
2.1.1. Реактивы и оборудование
2.1.2. Олигонуклеотиды
2.1.3. Буферные растворы, используемые в работе 65
2.2. МЕТОДЫ
2.2.1. Введение [ Р]-метки по концу олигонуклеотида
2.2.2. Производные олигонуклеотидов
2.2.3. Выделение суспензионного хроматина из плаценты человека
2.2.4. Выделение растворимой фракции хроматина из плаценты человека
2.2.5. Отделение гистона НІ от хроматина
2.2.6. Выделение нуклеосом
2.2.7. Анализ препаратов на содержание коровых гистонов и ДНК нуклеосомной длины
2.2.8. Реконструкция нуклеосомной цепи на фрагменте ДНК
2.2.9. Депротеинизация
2.2.10. Приготовление компетентных клеток
2.2.11. Трансформация компетентных клеток плазмидной ДНК
2.2.12. Выделение плазмидной ДНК 70
2.2.13. Амплификация фрагмента ДНК промотора гена c-fos 71
2.2.14. Очистка ПЦР-продуктов 72
2.2.15. Модификация ДНК алкилирующим производным олигонуклеотида
2.2.16. Реакция ДНК с DEPC 72
2.2.17. Картирование местоположения гистонового октамера микрококковой нуклеазой
2.2.18. Картирование местоположения гистонового октамера с помощью 0-бромбензойной кислоты
2.2.19. Расщепление фрагмента ДНК по пуринам методом Максама-Гилберта 73
2.2.20. Регистрация спектров ЭПР спиновой ловушки 73
2.2.21. Регистрация спектров ЭПР комплексов меди в присутствии остатков гуанина или олигонуклеотидов. 74
2.2.22. Расщепление ДНК плазмиды в системе арен/медь 75
2.2.22. Расщепление олигонуклеотидов в системе арен/медь
2.2.23. Модификация ДНК конъюгатом олигонуклеотида с фталоцианином кобальта(Н)
2.2.24. Расщепление ДНК конъюгатом олигонуклеотида с блеомицином As
2.2.25. Расщепление ДНК конъюгатом олигонуклеотида с 5-( амино-пропил-сульфамоилом)-2-бромбензойной кислоты
.РАСЩЕПЛЕНИЕ ДНК АРЕНАМИ И ИХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫМИ КОНЪЮГАТАМИ В ПРИСУТСТВИИ ИОНОВ Си(Н) (Результаты и
обсуждение) 777
3.1. РАСЩЕПЛЕНИЕ ДНК ЗАМЕЩЕННЫМИ БЕНЗОЙНЫМИ 77
КИСЛОТАМИ В ПРИСУТСТВИИ ИОНОВ Си(П)
3.1.1. Расщепление ДНК аренами различной структуры в 77 присутствии ионов Cu(II)
3.1.2. Исследование закономерностей расщепления ДНК под действием 0-бромбензойной кислоты в присутствии ионов Cu(II) 88
3.1.3. Исследование специфичности расщепления ДНК под действием о-бромбензойной кислоты в присутствии ионов Cufll)
3.1.4. Исследование связывания ионов меди с ДНК в системе Си(11) бромбеюойная кислота
3.2. РАСЩЕПЛЕНИЕ ДНК КОНЪЮГАТАМИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ С ПРОИЗВОДНЫМИ БРОМБЕНЗОЙНОЙ КИСЛОТЫ В ПРИСУТСТВИИ ионов
Cu(II)
3.2.1. Выбор модели и синтез конъюгата олигонуклеотида с остатком 0-бромбензойной кислоты
3.2.2. Расщепление ДНК ареновым производны олигонуклеотида в дуплексе
3.2.3. Расщепление двуцепочечной ДНК ареновым производным олигонуклеотида в триплексе
3.3. САЙТ-СПЕЦИФИЧЕСКАЯ МОДИФИКАЦИЯ ДНК В СОСТАВЕ РЕКОНСТРУИРОВАННОЙ НУКЛЕОСОМНОЙ ЦЕПИ
3.3.1. Применение системы Си(П)/о-бромбензойная кислота для 111 картирования ДНК-белковых взаимодействий на примере реконструированной нуклеосомной цепи.
3.3.2. Сайт-направленное алкилирование ДНК в составе 113 реконструированной нуклеосомной цепи в условиях образования специфического трехтяжевого комплекса
Выводы 116
Список литературы 118
