Введение
ГЛАВА 1. Метод молекулярной динамики 15
1.1. Молекулярная динамика 17
1.2. Алгоритмы метода молекулярной динамики 21
1.3. Потенциалы взаимодействия 28
1.4. Параллельные алгоритмы ММД 30
1.5. Метод декомпозиции атомов 32
1.6. Метод декомпозиции пространства 34
1.7. Метод декомпозиции силы 37
1.8. Современные программы ММД 42
1.9. Выводы по главе 1 43
ГЛАВА 2. Паралельныи алгоритм декомпозиции времени для метода молекулярной динамики 45
2.1. Метод декомпозиции времени 45
2.2. Организация вычислений в методе декомпозиции времени при разбиении пространства модели на расчетные зоны одинакового размера по одной координатной оси 63
2.3. Организация вычислений в методе декомпозиции времени при разбиении модели на расчетные зоны различного размера по одной координатной оси 75
2.4. Организация вычислений в методе декомпозиции времени при разбиении модели на расчетные зоны по двум координатным осям 82
2.5. Организация вычислений в методе декомпозиции времени при разбиении модели на расчетные зоны по трем координатным осям 92
2.6. Эффективность и быстродействие алгоритмов ММД использующих метод декомпозиции времени 99
2.7. Выводы по главе 2 100
ГЛАВА 3. Использование метода декомпозиции времени для алгоритмов и программ ммд 102
3.1. Особенности построения модели для метода декомпозиции времени 102
3.2. Использование много частичных потенциалов взаимодействия 105
3.3. Расчет временного шага 106
3.4. Влияние быстродействия каналов межпроцессорной связи на производительность МВС при использовании метода декомпозиции времени в ММД 107
3.5. Тестирование параллельного алгоритма ММД использующего метод декомпозиции времени 109
3.6. Тестирование надежности параллельной программы ММД использующей метод декомпозиции времени 112
3.7. Выводы по главе 3 122
Заключение 122
Список литературы
