Введение
1. Обзор литературы 11
1.1. Краткие сведения о возбудителе туберкулеза. Лекарственная устойчивость и ее генетические основы 11
1.2. Эпидемиология туберкулеза и распространенность лекарственной устойчивости в мире и Российской Федерации 15
1.3. Полиморфизмы в геноме M. tuberculosis, их применение в филогенетических и эпидемиологических исследованиях туберкулеза 19
1.3.1. Общие сведения о полиморфизмах в геноме M. tuberculosis 19
1.3.2. Полиморфизмы в повторяющихся последовательностях и методы молекулярной эпидемиологии 22
1.3.3. Полиморфизмы, имеющие филогенетическое значение, и методы их анализа 26
1.3.4. Факторы вирулентности микобактерий и их генетические основы 28
1.3.5. Филогенетическая и филогеографическая классификация микобактерий туберкулезного комплекса 32
1.4. Распространенность генетической группы Beijing в мире и Российской Федерации и ее ассоциации с лекарственной устойчивостью 34
2. Материалы и методы исследования 41
2.1. Объект исследования 41
2.2. Методы исследования 43
2.2.1. Бактериологические методы 43
2.2.2. Выделение ДНК из изолятов M. tuberculosis 44
2.2.3. Молекулярно-генетические методы 45
2.2.3.1. Типирование по спейсерным олигонуклеотидам (сполиготипирование) 45
2.2.3.2. Типирование по локусам VNTR 46
2.2.3.3. Анализ полиморфизмов в генах plcA, plcB, plcC и lipR 51
2.2.3.4. Анализ полиморфизмов в генах pks15/1 и dosT 53
2.2.4. Статистический анализ данных 55
3. Результаты и обсуждение 56
3.1. Распространенность генетических групп m. tuberculosis по районам самарской области 56
3.1.1. Общие данные по генетическим группам и кластеризации штаммов 56
3.1.2. Распространенность генетических групп в Самарской области 65
3.1.3. Кластеризация штаммов в районах Самарской области 66
3.1.4. Кластеризация штаммов, выделенных от впервые выявленных больных и пациентов, получавших лечение в прошлом 71
3.2. Генетические характеристики лекарственно-устойчивых и чувствительных штаммов m. tuberculosis в Самарской области 74
3.2.1. Распространенность лекарственной устойчивости микобактерий к противотуберкулезным препаратам в Самарской области 74
3.2.2. Распространенность лекарственной устойчивости среди различных генетических групп M. tuberculosis в Самарской области 77
3.2.3. Неоднородность генетических групп и ассоциированность отдельных кластеров с лекарственной устойчивостью 89
3.3. Генетический полиморфизм генов, ассоциированных с вирулентностью, среди штаммов m. tuberculosis в Самарской области 101
3.3.1. Ассоциированность полиморфизмов генов plcA, plcB, plcC, lipR, dosT и pks15/1 с генетическими группами M. tuberculosis 102
3.3.2. Ассоциированность полиморфизмов генов plcA, plcB, plcC, lipR, dosT и pks15/1 с кластерами M. tuberculosis 110
3.3.3. Ассоциированность полиморфизмов генов plcA, plcB, plcC, lipR, dosT и pks15/1 с устойчивостью к противотуберкулезным препаратам 117
Заключение 123
Выводы 129
Список использованной литературы 131
