ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ ..................................................................................................................... 5
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ .............................................................................. 14
1.1. Особенности заболеваемости и этиология МДС ................................................ 14
1.1.1.Заболеваемость .................................................................................................... 14
1.1.2. Взаимосвязь этиологии и эпигенетических нарушений ................................. 15
1.2. Клиническая и лабораторная характеристика МДС .......................................... 19
1.2.1. Диагностические критерии ................................................................................ 19
1.2.2. Прогностические шкалы IPSS, IPSS-R, WPSS, LR-PSS и MDS-CI ............... 21
1.3. Эпигенетические нарушения при МДС ............................................................... 24
1.3.1. Варианты эпигенетической регуляции ............................................................. 24
1.3.2. Мутации в генах эпигенетической регуляции при МДС, ОМЛ и МПЗ ........ 28
1.3.3. Особенности соматических мутаций эпигенетических регуляторов ASXL1 и
DNMT3A при МДС ....................................................................................................... 33
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ...................................................................... 37
2.1. Характеристика исследуемых групп ................................................................... 37
2.1.1. Клинико-лабораторные обследования и забор биоматериала для
молекулярно-генетических исследований ................................................................. 39
2.2. Молекулярно-генетические исследования .......................................................... 48
2.2.1. Выделение ДНК из периферической крови ..................................................... 49
2.2.2. Аллель-специфическая ПЦР для обнаружения мутации c.1934dupG в гене
ASXL1 ............................................................................................................................. 49
2.2.3. Рестрикционный анализ для обнаружения мутации R882H в гене DNMT3A50
2.3. Сравнительное секвенирование по Сэнгеру и условия его проведения .......... 53
2.4. Статистическая обработка данных ...................................................................... 56
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ .......................................................... 58
3
3.1. Адаптация к реальной клинической практике протокола аллель-
специфической ПЦР из работы Yannakou и соавт. для обнаружения мутации
c.1934dupG в гене ASXL1 ............................................................................................. 58
3.2. Результаты рестрикционного анализа мутации R882H в гене DNMT3A в
исследуемых группах и проведение HRM-анализа ................................................... 61
3.2.1. Адаптация к реальной клинической практике протокола рестрикционного
анализа из работы Berenstein и соавт. ......................................................................... 62
3.2.2. HRM-анализ и его сравнение с рестрикционным анализом на химически
синтезированной ДНК с различной концентрацией мутации R882H в гене
DNMT3A ......................................................................................................................... 63
3.2.3. Разработка праймеров для HRM-анализа ......................................................... 66
3.2.4. Результаты HRM-анализа .................................................................................. 66
3.2.5. Результаты контрольного рестрикционного анализа ...................................... 68
3.3. Результаты сравнительного секвенирования по Сэнгеру .................................. 69
3.4. Результаты аллель-специфической ПЦР мутации c.1934dupG в гене ASXL1 у
исследуемых групп ....................................................................................................... 74
3.5. Анализ общей выживаемости пациентов с МДС ............................................... 76
3.6. Анализ влияния мутации c.1934dupG в гене ASXL1 на прогноз и течение МДС
........................................................................................................................................ 81
3.7. Алгоритм тактики возможной терапии МДС у пациентов с мутацией
c.1934dupG в гене ASXL1, выявленной аллель-специфической ПЦР ...................... 89
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ............................................................................................................. 91
ВЫВОДЫ ...................................................................................................................... 97
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ ...................................................................... 99
ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ ................................................................. 100
ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИЙ ..................................................................................... 101
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ .......................................................................................... 104
4
ПРИЛОЖЕНИЕ А. Наиболее изученные гены эпигенетической регуляции и
частота их мутаций ..................................................................................................... 132
ПРИЛОЖЕНИЕ Б. Классификация МДС ВОЗ, 2017 .............................................. 136
ПРИЛОЖЕНИЕ В. Пересмотренная прогностическая шкала IPSS-R
(P.L. Greenberg и соавт., 2012) ................................................................................... 137
ПРИЛОЖЕНИЕ Г. Прогностическая шкала WPSS (L. Malcovati и соавт., 2011) 138
ПРИЛОЖЕНИЕ Д. Шкала коморбидности MDS-CI (Porta M. Della и соавт., 2011)
...................................................................................................................................... 139
ПРИЛОЖЕНИЕ Е. Протоколы выделения ДНК из цельной венозной крови ...... 140
ПРИЛОЖЕНИЕ Ж. Экстерьер технических разработок ........................................ 142
