Введение
1. Введение 1
2. Обзор литературы. Инициация транскрипции прокариот и ее регуляция 5
2.1. Структура РНК-полимеразы 5
2.2. Структура промоторов и их взаимодействие с РНК-полимеразой 9
2.2.1. Структура промоторов, транскрипционный цикл 9
2.2.2. Модуляция активности промоторов 14
2.2.2.1. Репрессия 14
2.2.2.2. Активация 17
2.2.3. Промоторы, активируемые при замедлении и прекращении роста Е. coli 20
2.3. Глобальные регуляторы транскрипции 23
2.3.1. Сигма S - ключевой фактор регуляции экспрессии генов при переходе клеток к стационарной фазе роста и при стрессах 24
2.3.1.1. Регуляция экспрессии гена rpoS на уровне транскрипции 26
2.3.1.2. Регуляция экспрессии гена rpoS на уровне трансляции 28
2.3.1.3. Регуляция внутриклеточного содержания os на стадии протеолиза 29
2.3.1.4. Строение os и особенности связывания с промотором 30
2.3.2. Белок CRP и сАМР 35
2.3.2.1. Структура белка CRP, взаимодействие с сАМР, ДНК и РНК-полимеразой...36
2.3.2.2. Участие CRP в регуляции транскрипции 39
2.3.3. CytR. 41
2.3.4. Гистоноподобные белки 43
2.3.4.1. H-NS 44
2.3.4.2. IHF - фактор интеграции 46
2.3.4.3. Белок FIS 48
2.3.4.4. Лейцин-зависимый белок Lrp 50
2.4. Микроцины - пептидные антибиотики энтеробактерий и генетические детерминанты, определяющие их синтез 53
3. Материалы и методы 60
4. Результаты 70
4.1. Особенности функционирования промотора оперона микроцина С51 (Ртсс) в зависимости от фазы и условий роста 70
4.1.1. Получение однокопийной конструкции Ртсс-/ас в составе рекомбинантного фага ?iDF 70
4.1.2. Активация Pmcc-/ac экспрессии при переходе клеток Е. coli в стационарную фазу роста 70
4.1.3. Особенности функционирования Ртсс в различных условиях роста клеток 73
4.1.4. Сравнение активности промотора оперона микроцина С51 и промотора гена lacZв штамме E.coli SBS1936 76
4.2. Сигма-S и сигма-70 субъединицы РНК-полимеразы в регуляции транскрипции оперона микроцина С51 76
4.2.1. Зависимость транскрипции Ртсс~^ от с — субьединицы РНК-полимеразы 76
4.2.2. Влияние суперпродукции а70 и а32 на экспрессию Ртсс-/ас 78
4.2.3. Экспрессия Ртсс-1ас в клетках Е.coli с мутацией rpoDSOO 81
4.2.4. Экспрессия ?тсс-1ас в клетках E.coli с мутацией ssrl в гене, кодирующем 6S-РНК 83
4.2.5. Анализ нуклеотидной последовательности Ротсс и влияние замен в сайте -10 на экспрессию тсс-1ас 84
4.3. Регуляция экспрессии Vmcc-lac в условиях голодания без глюкозы клеток E.coli в экспоненциальной фазе роста 88
4.4. Изучение роли глобальных регуляторов транскрипции белков CRP, CytR, H-NS и Lrp в регуляции экспрессии оперона микроцина С51 92
4.4.1. Роль белков CRP и CytR в регуляции экспрессии тсс-1ас. Локализация сайта связывания белка CRP 92
4.4.2. Изучение роли белка H-NS в регуляции экспрессии ?тсс-1ас 96
4.4.3. Роль белка Lrp 98
5. Обсуждение результатов 105
6. Выводы 113
7. Список литературы 114
