Введение
Глава 1. Обзор литературы 13
1.1. Общая характеристика болезни Паркинсона 13
1.1.1. Клиническая картина болезни Паркинсона 13
1.1.2. Классификация болезни Паркинсона 15
1.1.3. Нейропатология и течение болезни Паркинсона 17
1.2. Генетические причины развития болезни Паркинсона 20
1.2.1. Гены моногенных форм болезни Паркинсона 22
1.2.1.1. Ген альфа-синуклеина (SNCA) 22
1.2.1.2. Ген паркина (PARK2) 24
1.2.1.3. Ген PTEN-индуцируемой протеин киназы (PINK1)... 26
1.2.1.4. Ген белка DJ-1 (PARK7) 27
1.2.1.5. Ген дардарина (LRRK2) 28
1.2.1.6. Ген С-концевой убиквитин-гидролазы 1 (UCHL1)... 30
1.2.1.7. Ген АТФазы 13 А2(АТР13А2) 31
1.2.2. Генетический анализ болезни Паркинсона как ключ к этиопатогенезу заболевания 32
1.3. Использование ДНК микрочипов при изучении болезни Паркинсона 41
1.4. Анализ изменения транскриптома при болезни Паркинсона 47
1.4.1. Анализ экспрессии генов в тканях головного мозга 47
1.4.2. Анализ экспрессии генов в периферической крови 53
1.5. Современные подходы к диагностике ранних стадий болезни Паркинсона 56
1.5.1. Нейровизуализационные методы исследования 57
1.5.2. Идентификация нарушений обоняния 59
1.5.3. Парадоксальный сон без мышечной атонии 61
1.5.4. Обстипация как маркер ранних стадий болезни Паркинсона 64
1.5.5. Биохимические маркеры в гуморальных средах 65
1.5.6. Молекулярно-генетические подходы к клинической и доклинической диагностике болезни Паркинсона 71
Глава 2. Материалы и методы 75
2.1. Общая характеристика анализируемых выборок 75
2.2. Молекулярно-генетические методы анализа 76
2.2.1. Выделение геномной ДНК и тотальной РНК из цельной крови человека 76
2.2.2. Анализ экспрессии генов SLC6A3, GSK3B, МАРТ, PARK2, SNCA,ST13 77
2.2.2.1. Полимеразная цепная реакция обратной транскрипции 77
2.2.2.2. Полимеразная цепная реакция в реальном времени... 79
2.2.3. Анализ ДНК-микрочипов с использованием технологии APEX 80
2.2.3.1. Полимеразная цепная реакция 80
2.2.3.2. Очистка и концентрирование продуктов ПНР 82
2.2.3.3. Фрагментация продуктов ПНР 82
2.2.3.4. Полимеразная реакция удлинения праймера на микрочипе 83
2.2.4. Анализ однонуклеотидных полиморфизмов в гене LRRK2. 85
2.2.4.1. Полимеразная цепная реакция и гидролиз продуктов ПЦР специфическими рестрикционными эндодезоксирибонуклеазами 85
2.2.4.2. Анализ продуктов ПЦР и продуктов гидролиза ампликонов методом электрофореза в агарозном геле 86
2.2.5. Анализ однонуклеотидных полиморфизмов в генах PARK2, SNCA, WNT3 87
2.2.5.1. Полимеразная цепная реакция в реальном времени... 87
2.3. Статистическая обработка результатов 88
Глава 3. Результаты и обсуждение 90
3.1. Анализ точковых мутаций и однонуклеотидных полиморфизмов в генах при болезни Паркинсона 90
3.1.1. Анализ точковых мутаций и однонуклеотидных полиморфизмов с помощью ДНК-микрочипа 90
3.1.2. Анализ отобранных однонуклеотидных полиморфизмов в генах LRRK2 и PARK2 100
3.1.3. Анализ дополнительных однонуклеотидных полиморфизмов в генах SNCA и МАРТ 104
3.2. Анализ изменения экспрессии генов GSK3B, SLC6A3, МАРТ, PARK2,SNCA,ST13 106
3.2.1. Анализ изменения экспрессии генов SLC6A3, МАРТ и PARK2 110
3.2.2. Анализ изменения экспрессии генов GSK3B, SNCA и ST13 113
3.2.2.1. Анализ изменения экспрессии гена GSK3B 113
3.2.2.2. Анализ изменения экспрессии гена SNCA 115
3.2.2.3. Анализ изменения экспрессии гена 5773 118
Заключение 121
Выводы 124
Список литературы 125
