Введение
1 Список используемых сокращений 5
2 Введение 7
3 Обзор литературы 14
3.1. Классические методы видовой идентификации ортопоксвирусов, патогенных для человека 14
3.1.1. Морфологические методы 14
3.1.2. Биологические методы 17
3.1.3. Серологические методы 20
3.2. Современные подходы к видоспецифичной идентификации вирусов 25
3.2.1. Рестрикционный анализ вирусной ДНК 26
3.2.2. Полимеразная цепная реакция 26
3.2.3. Идентификация ортопоксвирусов с использованием полимеразнои цепной реакции 32
3.3. Олигонуклеотидные микрочипы 34
3.3.1. Методы изготовления микрочипов 36
3.3.2. Методы работы с микрочипами 39
3.3.3. Практическое применение микрочипов в диагностических целях 41
3.4. Заключение к обзору литературы 46
4 Материалы и методы 49
4.1. Материалы 49
4.2. Выделение ДНК с помощью набора "QiaAmp Blood mini kit" фирмы "QIAGEIsT(CUIA) 51
4.3. Выделение ДНК с помощью набора производства "Медиген" (Россия) 52
4.4. Выделение ДНК ортопоксвирусов методом A (Blin, Stafford, 1976) 53
4.5. Выделение ДНК ортопоксвирусов методом Б 53
4.6. Выделение ДНК ортопоксвирусов методом В 54
4.7. Выделение ДНК вируса натуральной оспы и вируса оспы обезьян из инфицированной клеточной культуры Vera 54
4.8. Выделение ДНК вируса натуральной оспы из струпов 55
4.9. Амплификация фрагментов ДНК 56
4.10. Секвенирование фрагментов ДНК 57
4.11. Компьютерный анализ 57
4.12. Гибридизация ДНК с олигонуклеотидным микрочипом 58
5 Результаты и обсуждение 60
5.1. Выбор метода выделения ДНК вируса натуральной оспы и других ортопоксвирусов 60
5.2. Изучение гена СгтВ в качестве мишени для видоспецифичной диагностики ортопоксвирусов на олигонуклеотидном микрочипе 68
5.2.1. Компьютерный анализ последовательности гена СгтВ ортопоксвирусов 68
5.2.2. Разработка метода видоспецифичной идентификации ортопоксвирусов HaMAGIChip 76
5.3. Изучение гена хемокинсвязывающего (vCCI) белка в качестве мишени для видовой идентификации ортопоксвирусов на олигонуклеотидном микрочипе 82
5.3.1. Секвенирование гена vCCI 82
5.3.2. Компьютерный анализ последовательности гена vCCI ортопоксвирусов 88
5.3.3. Разработка метода идентификации ортопоксвирусов, патогенных для человека, гибридизацией на олигонуклеотидном микрочипе 104
5.4. Изучение структуры гена а/р-интерферонсвязывающего белка (o/p-lFNr) ортопоксвирусов 109
5.4.1. Секвенирование гена a/p-IFNr ортопоксвирусов 110
5.4.2. Аналиї видоспецифичных различий в последовательности гена a/fi- *IFNr ортопоксвирусов 115
Заключение 123
Вывод 126
